Question

我是一个初学者，试图运行位于Anaconda环境中的Trimmomatic软件包。我试图广泛地谷歌如何在环境中实际运行程序，我什么也找不到。我通常使用bash编写代码，因此这对我来说是全新的。任何帮助都太棒了！我可以加载环境：

module load anaconda/2-4.2.0_cent
source activate base

但是我不知道如何使程序包运行。预先感谢！

Answer 1

在安装anaconda时，您可以选择将其添加到$PATH中，默认选项是no。

将anaconda目录放入路径是必要的第一步，因为这使您可以使用conda命令，该命令会被使用。

我将假设您将蟒蛇安装到/home/me/anaconda3/。如果您安装了Anaconda2，请将anaconda3/更改为anaconda2/。

首先，请执行以下操作：

~$ [export] PATH="/home/me/anaconda3/bin:$PATH"
~$ conda --version
conda <X.Y.Z>

确认conda在您的路径中之后，您将可以访问base环境，但是您可以通过以下方式进行仔细检查：

~$ conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /home/me/anaconda3
~$ which python
/home/me/anaconda3/bin/python

如果您想创建一个新的venv，conda会非常简单：

conda create python=2.7 -n py27env
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /home/me/anaconda3/envs/py27env

added / updated specs:
  - python=2.7


The following packages will be downloaded:

package                    |            build
---------------------------|-----------------
wheel-0.31.1               |           py27_0          62 KB
python-2.7.15              |       h1571d57_0        12.1 MB
certifi-2018.8.13          |           py27_0         139 KB
pip-10.0.1                 |           py27_0         1.7 MB
setuptools-40.0.0          |           py27_0         583 KB
------------------------------------------------------------
                                       Total:        14.6 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

ca-certificates: 2018.03.07-0
certifi:         2018.8.13-py27_0
ncurses:         6.1-hfffgggg474d3e_0
openssl:         1.0.2p-h14c325_0
pip:             10.0.1-py27_0
python:          2.7.15-h1571e57_0
readline:        7.0-ha6073c88_4
setuptools:      40.0.0-py27_0
wheel:           0.31.1-py27_0
zlib:            1.2.11-ha838bed_2
...

Proceed ([y]/n)?

现在只需按Yes，conda就可以完成，然后您将获得有关如何使用source activate的提示，您一切顺利！

为完整起见，这里还有几行bash需要再次检查：

~$ source activate py27env
(py27env) ~$ which python
/home/me/anaconda3/envs/py27env/bin/python
(py27env) ~$ conda env list
~$ conda env list
# conda environments:
#
base                     /home/me/anaconda3
py27env               *  /home/me/anaconda3/envs/py27env

希望这会有所帮助！

Answer 2

键入conda list以确认要运行的软件包已安装在当前环境中。如果您使用的环境不正确，请键入conda activate env_name（其中env_name是要激活的环境的名称）。

如果在键入conda list时列出了要运行的软件包，则可以直接运行它。只需输入软件包名称即可尝试。如果没有，请尝试python -m package_name。

如何在Anaconda环境中运行包？

2 个答案: