Question

我的目录/home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1中有qiime2程序https://qiime2.org。在Linux终端中，我运行source activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1以启动该程序。

我尝试在R Studio中以system('source activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1')的身份执行此操作，但这给了我这个错误：sh: 1: activate: not found Warning message: In system('activate /home/owner/anaconda3/envs/qiime2-2019.1') : error in running command

是否可以在R或Rstudio中激活anaconda env？

Answer 1

是的，我建议您使用多种方法来检查网状软件包，但基本上，R Studio Preview 1.2能够“发现”您的conda环境。

我首选的方式是：

library(reticulate)
library(tidyverse)

# Seeing your enviroments
conda_list()

#Using it
conda_list()[[1]][1] %>% 
  use_condaenv(required = TRUE)

#Checking python

import platform
print(platform.python_version())

链接

网状：https://rstudio.github.io/reticulate/

我的博客：https://twosidesdata.netlify.com/2019/03/23/exploratory-data-analysis-basic-pandas-and-dplyr/#how-to-set-up-reticulate

Answer 2

我认为在R控制台中输入conda环境可能不会成功，但是您仍然可以通过指示路径来使用环境命令。

例如，我的求爱之路是/home/username/miniconda3/envs/qiime2-2019.7/bin/qiime。如果要运行类似qiime info的代码，可以使用以下命令：

system("/home/username/miniconda3/envs/qiime2-2019.7/bin/qiime info")

Answer 3

通常，我不使用Rstudio，但是从某些搜索中，我建议您通过设置python路径来尝试，而不是通过Conda激活来激活环境。

您可以选择要使用的python解释器，并在此处。

    library(reticulate)

    path_to_python <- "/anaconda3/envs/qiime2-2019.1/python"

    use_python(path_to_python)

以下是针对同一类型问题的一些答案：

1> https://stackoverflow.com/a/54813273/9071644

2> https://stackoverflow.com/a/45891929/9071644

3> https://stackoverflow.com/a/43411909/9071644

Answer 4

如果您想在 RStudio 中使用 Python，最好的方法是使用 Anaconda 创建一个单独的“网状”环境。

部分原因是你可以使用 RMarkdown 输出需要 PyQt5，如果你覆盖 PyQt，它会破坏你的 Jupyter/Spyder 环境。

然后你必须制作一个像 this setup. 这样的 .Renviron 文件，它将 R 指向正确的 Python 环境。否则，RStudio 的默认设置似乎是 miniconda 环境。

一旦您设置了单独的网状环境并且您有 .Renviron 指向它，您的所有 Python 包安装都应该进入该环境。

如何在R中激活anaconda环境

4 个答案: