Question

我对这种类型的编码/命令行完全陌生，所以如果我以错误的方式问这个问题，我感到抱歉。

我想遍历目录中的所有文件（我的质量是修整DNA测序文件（.fastq格式））

我写了这个循环：

for i in *.fastq; do
perl /apps/prinseqlite/0.20.4/prinseq-lite.pl -fastq $i -min_len 220 -max_len 240 -min_qual_mean 30  -ns_max_n 5 -trim_tail_right 15 -trim_tail_left 15 -out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/$i_filtered.fastq -out_bad null; done

代码本身似乎可以正常工作，我可以在终端中看到它正在获取正确的文件并且正在进行修整（它正在向终端中写入摘要日志），但是没有生成输出文件-即这些：

-out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/$i_filtered.fastq

如果我以非循环方式运行代码，则只需在一个文件上运行即可（=生成输出）。链接此示例：

prinseq-lite.pl -fastq 60782_merged_rRNA.fastq -min_len 220 -max_len 240 -min_qual_mean 30  -ns_max_n 5 -trim_tail_right 15 -trim_tail_left 15 -out_good 60782_merged_rRNA_filt_codeTEST.fastq -out_bad null

是否有简单的原因/答案？

Answer 1

此问题与Perl完全无关。

外壳将

/proj/forhot/qfiltered/looptest/$i_filtered.fastq读为对i_filtered内容的内插。没有此类shell变量，因此此参数变为/proj/forhot/qfiltered/looptest/.fastq（$i_filtered变为空）。

因此，您所有的prinseq-lite.pl执行都将其输出保存在同一文件中（因为其名称以.开头）是“隐藏的”：您需要使用ls -a来执行看到它，而不仅仅是ls。

修复

... -out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/${i}_filtered.fastq

请注意，这会给您例如60782_merged_rRNA.fastq_filtered.fastq为60782_merged_rRNA.fastq的输入文件。如果要去除重复的.fastq部分，则需要类似以下内容的

... -out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/"${i%.fastq}"_filtered.fastq

为什么没有在prinseqlite perl循环中写入输出文件？

1 个答案: