Python从netcdf文件

Question

1。我需要将time作为Dimension分配给xarray.DataSet对象

2。我需要将lat / lon分配为Dimension

---

我已经从NOAA FTP服务here下载了植被健康数据。

帮助文档为here。

每周有2030个文件，因此非常感谢您并行执行此操作。

  In [0]: ls | wc -l
  2030

问题：

主要问题是数据每周发送一次，没有time维度（.nc global attributes中的天数和文件名中的year除外） ）。

对于名为'VHP.G04.C07.NH.P1992014.VH.nc'的文件：

In [1]: xr.open_dataset('VHP.G04.C07.NH.P1992014.VH.nc')
Out[1]:
<xarray.Dataset>
Dimensions:  (HEIGHT: 3616, WIDTH: 10000)
Dimensions without coordinates: HEIGHT, WIDTH
Data variables:
    VCI      (HEIGHT, WIDTH) float32 ...
    TCI      (HEIGHT, WIDTH) float32 ...
    VHI      (HEIGHT, WIDTH) float32 ...
    QA       (HEIGHT, WIDTH) float32 ...
Attributes:
    VERSION:                 VH (vh.exe,version 1.3, March 21 2012)
    SATELLITE:               NH
    INSTRUMENT:              AVHRR
    CITATION_TO_DOCUMENTS:   User Guide of Vegetation Health(VH) system (vers...
    CONTACT:                 NOAA/NESDIS/STAR/EMB
    PRODUCT_NAME:            Vegetation Health
    PROJECTION:              Plate_Carree
    DATE_BEGIN:              92
    DATE_END:                98
    TIME_BEGIN:              00:00 UTC (use day time data only)
    TIME_END:                23:59 UTC (use day time data only)
    ANCILLARY_FILES:         FILE_CONFIGURE:vh.config_NN\nFILE_PRELAUNCH_CALI...
    CONFIGURE_FILE_CONTENT:  [Options for vh.exe]\nDIR_Ancillary=            ...
    YEAR:                    1992
    PERIOD_OF_YEAR:          14
    DAYS_PER_PERIOD:         7
    END_LATITUDE_RANGE:      -55.152
    START_LONGITUDE_RANGE:   -180.0
    START_LATITUDE_RANGE:    75.024
    END_LONGITUDE_RANGE:     180.0
    INPUT_FILES:             2
    INPUT_FILENAMES:         data/AVHRR_VHP/4km/VH/VHP.G04.C07.NH.P1992014.SM...

问题

因此，我希望使用xarray：

1. 将time存储为标量dimension
2. 将HEIGHT和WIDTH转换为latitude和longitude dimensions

3. 将生成的xarray.Dataset写入.nc文件

   所以我想要这样的东西（但具有cf-compliance）：

   <xarray.Dataset>
   Dimensions:  (latitude: 3616, longitude: 10000, time)
   Dimensions without coordinates: latitude, longitude, time
   Data variables:
       VCI           (latitude, longitude, time) float32 ...
       TCI           (latitude, longitude, time) float32 ...
       VHI           (latitude, longitude, time) float32 ...
       QA            (latitude, longitude, time) float32 ...
       latitude      (HEIGHT) float32 ...
       longitude     (WIDTH) float32 ...
   

问题1：将time存储为标量维度

我想要这样做，以便以后可以使用cdo mergetime *.nc将所有文件合并为一个.nc文件

我已经研究出如何从.nc文件中获取时间。

  year = int(filename[-13:-9]) # 1992
  day_begin = int(ds.attrs['DATE_BEGIN'])
  day_end = int(ds.attrs['DATE_END'])

  dt = datetime.datetime(year, 1, 1) + datetime.timedelta(day_begin - 1)

第一个问：

现在如何将其分配给坐标？该坐标将为标量。它还需要符合cf标准（例如Days since 1970-01-01）

问题2：将HEIGHT和WIDTH转换为latitude和longitude维度

我还想转换HEIGHT和WIDTH尺寸。由于2018年的文件（例如'VHP.G04.C07.npp.P2018030.VH.nc'）具有纬度/经度字段，因此变得更容易。

VHP.G04.C07.npp.P2018030.VH.nc：

In [2]: xr.open_dataset('VHP.G04.C07.npp.P2018030.VH.nc')
Out[2]:
<xarray.Dataset>
Dimensions:       (HEIGHT: 3616, WIDTH: 10000)
Dimensions without coordinates: HEIGHT, WIDTH
Data variables:
    VCI           (HEIGHT, WIDTH) float32 ...
    TCI           (HEIGHT, WIDTH) float32 ...
    VHI           (HEIGHT, WIDTH) float32 ...
    QA            (HEIGHT, WIDTH) float32 ...
    latitude      (HEIGHT) float32 ...
    longitude     (WIDTH) float32 ...
    PLATE_CARREE  int32 ...
Attributes:
    Conventions:               CF-1.5
    Metadata_Conventions:      CF-1.5, Unidata Dataset Discovery v1.0
    standard_name_vocabulary:  CF Standard Name Table (version 17, 24 March 2...
    project:                   S-NPP Data Exploitation
    institution:               DOC/NOAA/NESDIS/NDE > S-NPP Data Exploitation,...
    naming_authority:          gov.noaa.nesdis.nde
    instrument_name:           VIIRS
    summary:                   Vegetation Health Product
    history:                   Version 1
    processing_level:          NOAA Level 3
    source:                    VIIRS-I1-SDR, VIIRS-I2-SDR, VIIRS-I5-SDR, ICCMO
    references:                User Guide of Vegetation Health (VH version 1....
    cdm_data_type:             grid
    geospatial_lat_units:      degrees_north
    geospatial_lon_units:      degrees_east
    creator_name:              DOC/NOAA/NESDIS/STAR > VHP Team, Center for Sa...
    creator_email:             Felix.kogan@noaa.gov
    creator_url:               http://www.star.nesdis.noaa.gov/smcd/emb/vci/VH/
    publisher_name:            DOC/NOAA/NESDIS/NDE > S-NPP Data Exploitation,...
    publisher_email:           espcoperations@noaa.gov
    publisher_url:             http://projects.osd.noaa.gov/NDE
    PRODUCT_NAME:              VH_2018_Week_30
    PROJECTION:                Plate Carree
    time_coverage_start:       201807230000000
    time_coverage_end:         201807292359599
    ANCILLARY_FILES:           File_Configure=control/VHconfig.viirs_weekly_4...
    INPUT_FILENAMES:           data/VIIRS/4km/VH/VGVI_21Bands.G04.C07.npp.P20...
    version:                   v2r01,Sep 8 2017
    satellite_name:            npp
    title:                     VH_2018_Week_30
    YEAR:                      2018
    PERIOD_OF_YEAR:            30
    DAYS_PER_PERIOD:           7
    INPUT_FILES:               2
    geospatial_lat_min:        -55.151993
    geospatial_lon_min:        -180.0
    geospatial_lat_max:        75.024
    geospatial_lon_max:        180.0
    CONFIGURE_FILE_CONTENT:    #Options for VIIRS-VH weekly job processing (p...

第二问：

如何提取这些经纬度Data variables，将其存储为Coordinates，然后将该文件中的坐标用作latitude和longitude的坐标我以前的文件（例如上面的'VHP.G04.C07.NH.P1992014.VH.nc'。）

3。写入.nc文件

然后我要使用以下命令将其写入.nc文件：

ds.to_netcdf('path/to/output')

对于第1部分和第2部分，我非常费劲，在处理此数据以及使用其他variables的经纬度xarray.Dataset方面提供的任何帮助将不胜感激。

如果您觉得我选择了错误的工具，我也将很感兴趣！