Question

我无法分析从AppEEARS下载的MODIS NDVI数据（Terra和Aqua）。

一段时间内数据处于一定程度，所以我将不同的层堆叠在一个文件中。

library(raster)
setwd("~/NDVI/")
NDVI <- list.files(full.names = TRUE, pattern = ".tif$")
sNDVI <- stack(NDVI)

这里没有问题，但是当我查看每层的观察数时，它们在各层之间是不同的。这使得在层之间进行进一步的分析非常困难。

 layers <- 0; layers <- as.data.frame(layers)
    for (i in 1:NDVI@data@nlayers){
      layers[i,] <- length(rasterToPoints(subset(NDVI, i)))
    }

summary(layers[,1])
 Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
3330678 3340078 3342094 3341450 3343584 3345408

length(layers[,1])
[1] 142

我曾经从以前的系统下载NDVI层而没有问题。有谁知道我在做什么错，或者我该如何解决？裁剪无效。

谢谢您的帮助！

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该问题是由数据中的NA引起的。我学会了here如何可视化NA：

NDVI <- reclassify(NDVI, cbind(NA, 1000)) #or some value way higher than the rest of your data

plot(subset(NDVI, 1)

这表明NA分布在我的整个范围内（我不知道为什么，因为我下载的先前数据不是这种情况）。我需要以某种方式填充NA，然后尝试使用该列中下一个非NA值的值来填充它们的方法并非最优：

library(zoo)
head(NDVI@data@values)
NDVI@data@values <- na.locf(NDVI@data@values, fromLast = T) # 'fromLast = T' makes the function take the value of the *next* rather than the *previous* value to fill in the NA.

由于NA不足我总数据的0.1％，因此这不会影响我要计算的每层平均值。

这可能不是您要处理栅格的方式，但是我认为我仍然可以编辑原始问题。干杯，

Answer 1

这是评估多元栅格阵列数据的一种较差的方法。 raster::rasterToPoints函数正在丢弃NA，因此长度有所不同。这不是 n 的区别，而是缺少数据。

数组匹配，否则您将收到raster::stack错误。我建议对此数据应用通用的平滑和无数据插补程序。这将处理丢失的数据，由于诸如云之类的影响，这种类型的数据可能会出现这种情况。

spatialEco软件包的开发版本具有栅格时间序列数据的功能：smooth.time.series（NA插补），sg.smooth（Savitzky-Golay平滑）和raster.kendall（Kendall的Til与Theil-Sen单调趋势斜率）。

堆叠栅格图层在R中具有不同数量的观测值

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1 个答案: