更改颜色键的比例(热图2-R)

时间:2018-08-05 22:26:39

标签: r heatmap

我仍在学习R,并且在使用heatmap.2函数时在更改Color Key方面遇到一些困难。我刚刚绘制了一个热图,在其中我将中断设置为这些值。它们中的大多数从0.2到1.3(蓝色到红色),但是随后有一列的值上升到1700(灰色到黑色)。当可视化颜色键时,范围从0到2很小,以致于蓝色到红色不会出现。有什么办法可以将颜色键的一半设置为0到2,然后另一半设置为1700?

TL; DR:,有什么方法可以更改中断已更改的热图颜色键的比例?

这是我的代码:

library(gplots)

data <- read.csv("tick_vs_ab_181.csv")
rnames <- data[,1]
mat_data <- data.matrix(data[,2:ncol(data)])
row.names(mat_data) <- rnames

luiz_palette <- c(colorRampPalette(c("blue","red"))(20), colorRampPalette(c("gray", "black"))(100))
luiz_break <- c(seq(0,max(mat_data[,2:ncol(mat_data)]),length=21),(seq(min(mat_data[,1]),max(mat_data[,1]),length=100)))

heatmap.2(mat_data,
          main = "Correlation",
          notecol="black",
          density.info="none",
          trace="none",
          margins =c(12,9),
          col=luiz_palette,
          breaks=luiz_break,
          dendrogram="row")

热图图片:

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