在anova之前缩放？

Question

我想进行anova分析以鉴定差异表达的基因。我应该在寻找差异表达基因之前使用分位数归一化或中位数绝对偏差来扩展数据，还是应该将anova直接应用于通过RMA获得的数据？

提前多多感谢

Answer 1

您可以在RMA之后应用ANOVA，因为它包括背景调整，摘要和分位数归一化步骤（see here）。对于非Affy数据，可以在ANOVA之前使用符合Illumina数据的对数变换/分位数归一化或VST（方差稳定变换）/ RSN（稳健样条标准化）的内容。

正如已经指出的那样，这个问题的最佳位置是BioStar。

顺便说一句，您还需要在RMA之后和ANOVA之前对数据进行一些过滤，以删除低方差的探针集。如果你在R工作，你会想看看genefilter。

Answer 2

始终，始终正常化，您的结果根本无法比较。要使用的标准化技术在很大程度上取决于您使用的微阵列技术。

要获得更深入的答案，您应该尝试Biostar Stack Exchange site。