如何在奇异映像中安装ubuntu软件包?

时间:2018-08-01 11:24:00

标签: ubuntu apt-get singularity-container

我在CentOS 6.6系统上工作。我有一个可写的奇点ubuntu 16.04图像,我知道我实际上可以写到:

[root@qmaster02]# whoami
root
[root@qmaster02]# singularity shell --writable gtn
Singularity: Invoking an interactive shell within container...

Singularity gtn:~> ls /opt/
ZFP  bart-0.3.01  code  manifest.json  start_supervisor  supervisord.conf  v0.3.01.tar.gz
Singularity gtn:~> touch /opt/mynewfile
Singularity gtn:~> ls /opt/
ZFP  bart-0.3.01  code  manifest.json  mynewfile  start_supervisor  supervisord.conf  v0.3.01.tar.gz

我现在尝试安装新的软件包,但出现以下错误:

Singularity gtn:~> apt-get install module-init-tools
Reading package lists... Error!
E: Could not read from /var/lib/apt/lists/archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_xenial-updates_InRelease - getline (12: Cannot allocate memory)
E: The package lists or status file could not be parsed or opened.

检查/var/lib/apt/lists/archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_xenial-updates_InRelease,它只是一个带有结尾的签名的哈希和文件。

问题: 在单一环境中如何使用apt-get安装软件包?

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

奇异容器可能是可写的,但没有足够的空间来写入更多信息。这可能是您在这里遇到的问题。

您可以通过运行以下命令来增加磁盘映像:

singularity image.expand container.img

或者我相信奇点2.3及以下版本:

singularity expand container.img

(可选)使用size参数

-s|--size

image.expand默认将图像大小增加768MiB。

在那之后,安装将按照说明进行。