我在CentOS 6.6系统上工作。我有一个可写的奇点ubuntu 16.04图像,我知道我实际上可以写到:
[root@qmaster02]# whoami
root
[root@qmaster02]# singularity shell --writable gtn
Singularity: Invoking an interactive shell within container...
Singularity gtn:~> ls /opt/
ZFP bart-0.3.01 code manifest.json start_supervisor supervisord.conf v0.3.01.tar.gz
Singularity gtn:~> touch /opt/mynewfile
Singularity gtn:~> ls /opt/
ZFP bart-0.3.01 code manifest.json mynewfile start_supervisor supervisord.conf v0.3.01.tar.gz
我现在尝试安装新的软件包,但出现以下错误:
Singularity gtn:~> apt-get install module-init-tools
Reading package lists... Error!
E: Could not read from /var/lib/apt/lists/archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_xenial-updates_InRelease - getline (12: Cannot allocate memory)
E: The package lists or status file could not be parsed or opened.
检查/var/lib/apt/lists/archive.ubuntu.com_ubuntu_dists_xenial-updates_InRelease
,它只是一个带有结尾的签名的哈希和文件。
问题:
在单一环境中如何使用apt-get
安装软件包?
答案 0 :(得分:0)
奇异容器可能是可写的,但没有足够的空间来写入更多信息。这可能是您在这里遇到的问题。
您可以通过运行以下命令来增加磁盘映像:
singularity image.expand container.img
或者我相信奇点2.3及以下版本:
singularity expand container.img
(可选)使用size参数
-s|--size
image.expand默认将图像大小增加768MiB。
在那之后,安装将按照说明进行。