Question

Make在使研究和数据分析具有更高的可重现性方面非常方便，例如：

# make file
R = R CMD BATCH --no-save --no-restore 
datafiles = *.csv
outputfiles = *.{pdf,Rout}

.PHONY: all clean

all: fig_A.pdf fig_B.pdf 

clean: 
    rm -f $(datafiles) $(outputfiles)
    rm -rf output
    mkdir output

# produce outputs
fig_A.pdf fig_B.pdf: interim_data.csv plot_figs.R
    $(R) plot_figs.R
    mv plot_figs.Rout ./output

# derive interim data
interim_data.csv: source_data.csv source_to_interim.R 
    $(R) source_to_interim.R 
    mv source_to_interim.Rout ./output

# download source data
source_data.csv: download_source.R
    $(R) download_source.R 
    mv download_source.Rout ./output

从源数据重新生成图形，并将所有输出保存到./output。但是，我们可以使事情更紧凑吗？例如，通过

避免重复，如：
```
$(R) script.R
mv script.Rout ./output
```
是否要重组为更通用的相关代码（在此示例中为R脚本），数据（csv）和输出（pdf，Rout）？
更好地处理将输出导出到./output目录吗？

Answer 1

1）和2）

您可能应该看看make的automatic variables：

$ cat Makefile
.NOTPARALLEL:

OUTPUT := output
R      = R CMD BATCH --no-save --no-restore
PDF    := fig_A.pdf fig_B.pdf
CSV    := interim_data.csv source_data.csv

all: $(PDF) $(CSV)

$(PDF): plot_figs.R interim_data.csv
interim_data.csv: source_to_interim.R source_data.csv
source_data.csv: download_source.R

$(CSV) $(PDF):
    $(R) $<
    mv $<out $(OUTPUT)

$ make
R CMD BATCH --no-save --no-restore download_source.R
mv download_source.Rout output
R CMD BATCH --no-save --no-restore source_to_interim.R
mv source_to_interim.Rout output
R CMD BATCH --no-save --no-restore plot_figs.R
mv plot_figs.Rout output

$<自动变量通过make扩展为当前目标的第一个前提条件（这就是为什么我对fig_A.pdf，fig_B.pdf和interim_data.csv的前提条件进行重新排序的原因）。此外，您可以将规则与配方分开，将规则与前提条件分开（并且没有配方）。

请注意.NOTPARALLEL，它告诉make不要并行运行多个配方。在您的情况下，这是必需的，因为您有两个目标（fig_A.pdf和fig_B.pdf）生产相同的plot_figs.Rout副产品，而该副产品却被相同的配方移出。如果允许make在并行模式下运行，则可能会出现竞争状况。

3）

这有点困难，因为您的食谱会产生2种不同的输出：*.csv（或*.pdf）和*.Rout。而且make在设计时就没有考虑到这种情况。它更倾向于一种配方=一种文件产品。但是我们可以尝试使用宏（R）隐藏这些文件移动：

$ cat Makefile
.NOTPARALLEL:

OUTPUT := output
R      = R CMD BATCH --no-save --no-restore $(1) && mv $(1)out $(OUTPUT)
PDF    := fig_A.pdf fig_B.pdf
CSV    := interim_data.csv source_data.csv

all: $(PDF) $(CSV)

$(PDF): plot_figs.R interim_data.csv
interim_data.csv: source_to_interim.R source_data.csv
source_data.csv: download_source.R

$(CSV) $(PDF):
    $(call R,$<)

$ make
R CMD BATCH --no-save --no-restore download_source.R && mv download_source.Rout output
R CMD BATCH --no-save --no-restore source_to_interim.R && mv source_to_interim.Rout output
R CMD BATCH --no-save --no-restore plot_figs.R && mv plot_figs.Rout output

$(call...) make函数将扩展为其第一个参数变量（R）的值，其中$(1)已被第二个参数（$<）{{ 1}}的第三个参数（在我们的例子中没有），...

请注意$(2)的定义：它使用递归赋值运算符（R，而不是简单赋值运算符（=），因为我们希望仅在需要时才对其进行扩展，在make将配方传递给外壳执行之前。

进行可重复的研究

1 个答案:

1）和2）

3）