Question

我使用终端创建了一个conda环境：

conda create --name pathfinder_example_proj_env python=3.6 feather-format=0.4.0 statsmodels=0.9.0

我还创建了一个简单的python脚本

import feather
import pandas as pd
import statsmodels.api as sm

print("Done")

在R笔记本中，我现在想在我之前创建的conda环境中运行该脚本。

我尝试过：

reticulate::use_condaenv("pathfinder_example_proj_env", required = TRUE)
reticulate::source_python("../python/python_model.py")

但是出现以下错误：

Error in py_run_file_impl(file, local, convert) : ImportError: No module named feather

当我检查python网状版本是否在使用时，我得到：

reticulate::py_config()

python:         /usr/bin/python
libpython:      /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/config/libpython2.7.dylib
pythonhome:     /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7:/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7
version:        2.7.10 (default, Oct  6 2017, 22:29:07)  [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 9.0.0 (clang-900.0.31)]
numpy:          /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy
numpy_version:  1.8.0

python versions found: 
 /usr/bin/python
 /Users/bradcannell/anaconda/bin/python
 /Users/bradcannell/.virtualenvs/bradcannell-_MDC9FPE/bin/python

我使用py_discover_config（）检查了可用版本

reticulate::py_discover_config()

python:         /usr/bin/python
libpython:      /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/config/libpython2.7.dylib
pythonhome:     /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7:/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7
version:        2.7.10 (default, Oct  6 2017, 22:29:07)  [GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 9.0.0 (clang-900.0.31)]
numpy:          /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy
numpy_version:  1.8.0

python versions found: 
 /usr/bin/python
 /Users/bradcannell/anaconda/bin/python
 /Users/bradcannell/.virtualenvs/bradcannell-_MDC9FPE/bin/python
 /Users/bradcannell/anaconda/envs/pathfinder_example_proj_env/bin/python

您会看到，列出了虚拟环境。我只是不确定如何使用它。

我已经阅读了网状网站上的所有文章：
https://rstudio.github.io/reticulate/index.html

我还在Github上找到了几个线程：
https://github.com/rstudio/reticulate/issues/1
https://github.com/rstudio/reticulate/issues/292

Answer 1

我在这里找到了解决方法：https://community.rstudio.com/t/reticulate-source-python-and-exec-problems/7386/6

在安装了reticulate的开发版本（devtools :: install_github（“ rstudio / reticulate”）之后，reticulate将按预期使用conda环境。

如果其他人遇到此问题，则保留此帖子。

Answer 2

这件事奏效了：

通过将RETICULATE_PYTHON环境变量的值设置为Python二进制文件。请注意，如果您设置此环境变量，则将始终使用指定版本的Python（即，这是说明性的，而非建议性的）。要设置RETICULATE_PYTHON的值，请将Sys.setenv（RETICULATE_PYTHON = PATH）插入您的项目的.Rprofile ，其中PATH是您首选的Python二进制文件。

Answer 3

这对我有用；

library(reticulate)

myenvs=conda_list()

envname=myenvs$name[2]
use_condaenv(envname, required = TRUE)
# or
use_condaenv("r-miniconda", required = TRUE)

有时需要重新启动会话。

网状::: use_condaenv（path）后无法弄清楚如何使用conda环境

3 个答案: