Question

我是Google Cloud的新手，被告知使用Variant Transforms以便将.vcf文件导入Big Query。我完成了Variant Transforms上指定的所有操作，然后阅读并复制了第一段代码并将其粘贴到bash文件中：

#!/bin/bash
# Parameters to replace:
GOOGLE_CLOUD_PROJECT=GOOGLE_CLOUD_PROJECT
INPUT_PATTERN=gs://BUCKET/*.vcf
OUTPUT_TABLE=GOOGLE_CLOUD_PROJECT:BIGQUERY_DATASET.BIGQUERY_TABLE
TEMP_LOCATION=gs://BUCKET/temp

COMMAND="/opt/gcp_variant_transforms/bin/vcf_to_bq \
  --project ${GOOGLE_CLOUD_PROJECT} \
  --input_pattern ${INPUT_PATTERN} \
  --output_table ${OUTPUT_TABLE} \
  --temp_location ${TEMP_LOCATION} \
  --job_name vcf-to-bigquery \
  --runner DataflowRunner"
gcloud alpha genomics pipelines run \
  --project "${GOOGLE_CLOUD_PROJECT}" \
  --logging "${TEMP_LOCATION}/runner_logs_$(date +%Y%m%d_%H%M%S).log" \
  --zones us-west1-b \
  --service-account-scopes https://www.googleapis.com/auth/cloud-platform \
  --docker-image gcr.io/gcp-variant-transforms/gcp-variant-transforms \
  --command-line "${COMMAND}"

我尝试运行此程序，同时适当地替换了参数并出现了此错误：

ERROR: (gcloud.alpha.genomics.pipelines.run) INVALID_ARGUMENT: Error: validating pipeline: zones and regions cannot be specified together

此后，我尝试在单独的行上指定区域和区域，甚至更改了默认区域和区域。我什至尝试了Google本身的示例管道，但它们仍然导致相同的错误。我是在做错什么，还是需要安装更多东西才能工作？

Answer 1

您需要首先使用--regions标志，并在end中使用--zone标志。解决方法是，可以设置默认的zone and region to your local client。另外请记住，region is "us-west1" and the zone is "b"

Google Cloud Genomics管道区域和区域规范错误

1 个答案: