我试图使用dsub在谷歌云上运行一些全基因组测序样本。 dsub命令适用于某些样本,但不适用于其他样本。我已经尝试减少并行线程的数量,增加内存和磁盘,但它仍然失败。由于每次运行大约需要2天,因此试错方法非常昂贵!任何帮助/提示将非常感谢!
我的命令是:
dsub \
--project "${MY_PROJECT}" \
--zones "us-central1-a" \
--logging "${LOGGING}" \
--vars-include-wildcards \
--disk-size 800 \
--min-ram 60 \
--image "us.gcr.io/xxx-yyy-zzz/data" \
--tasks "${SCRIPT_DIR}"/tBOWTIE2.tsv \
--command 'bismark --bowtie2 --bam --parallel 2 "${GENOME_REFERENCE}" -1 "${INPUT_FORWARD}" -2 "${INPUT_REVERSE}" -o "${OUTPUT_DIR}"' \
--wait
dstat命令带有' - full'选项将错误显示为:
status: FAILURE
status-detail: "11: Docker run failed"
日志文件中的最后一行,在Google云端,只是声明"(退出状态141)"。
非常感谢!