我正在使用 python3.4 中的某些程序。我想使用 WAG矩阵进行系统进化论推断，但我对其所实现的公式感到困惑。
例如，在系统发育研究中，当使用序列文件生成基于距离的矩阵时，会实现一个名为“ p-距离”的公式，并基于此公式和一些序列数据的标准值时，将生成一个矩阵，该矩阵随后将用于构造树。当使用基于字符的树构造方法时，“ WAG”是用于似然树构造的矩阵之一。我想说的是，如果要实现这一矩阵，那么它的公式基础是什么？ 我想为此实现编写代码。但是首先，我需要了解WAG矩阵使用的逻辑。
我有一个比对的蛋白质序列文件，我需要生成“ WAG” 矩阵。事实是我一直在学习文学 关于摇摆矩阵，但我不知道它如何执行 计算？？？它有特定的公式吗？ （例如， “ p-distance”是用于bu距离矩阵的公式）我想给 比对蛋白质序列文件作为输入，并生成一个矩阵 输出。