Question

我正在尝试使用python绘制Berkeley-Stanford web graph与相关的edge list的邻接矩阵。结果应与此link中的一样。我的第一个尝试是使用如下的密集表示形式：

import matplotlib.pyplot as plt
import re

n=685230
matrix = [[0 for i in range(0,n)] for j in range(0,n)]

with open("web-BerkStan.txt", "r") as infile:
    for line in infile:
        li=line.strip()
        if not li.startswith("#"):
            i,j = re.split(r'\t+', li)
            matrix[int(i)][int(j)] = 1


f = plt.figure()

plt.imshow(matrix, cmap='binary', interpolation='nearest')
plt.show()

f.savefig('graph.pdf', bbox_inches='tight')

该代码适用于n=10，但是对于给定的n=685230，它对于我正在考虑的网络图形的大小来说是不可行的。

或者，我尝试将密集表示替换为坐标格式：

matrix = []
with open("web-BerkStan.txt", "r") as infile:
    for line in infile:
        li=line.strip()
        if not li.startswith("#"):
            i,j = re.split(r'\t+', li)
            matrix.append([int(i),int(j)])

其中matrix现在是边缘列表。如何将边缘列表绘制为稀疏矩阵？

Python中大型矩阵的稀疏表示

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