Question

我正在尝试在Anaconda 3中使用Sage，但看起来库未导入。

我首先创建了一个新环境'ipykernel_py2'，然后按照here中的说明安装了Python 2。这样，我就可以在Anaconda 3中启动并运行Python 3和Python 3。

然后我转到创建的内核文件夹（C：\ Users \ YOUR_USERNAME \ AppData \ Local \ Continuum \ anaconda3 \ envs \ ipykernel_py2 \ share \ jupyter \ kernels）并粘贴Sage的内核（取自C：\ Program Files \ SageMath 8.2 \运行时\ opt \ sagemath-8.2 \ local \ share \ jupyter \ kernels）。这允许在Jupyter中创建新的SageMath文件，但是内核已死。要激活内核，我使用了Anaconda Prompt并输入：

activate ipykernel_py2
python -m ipykernel install --user --name sagemath --display-name "SageMath 8.2"

因此，内核现已激活，我可以创建和运行Sage文件。但是，这些库仍无法正常工作。该文件似乎像普通的Python 2文件一样运行。

有人知道如何解决此问题吗？我需要创建一个单独的环境吗？

Answer 1

Sage for Windows在称为Cygwin的UNIX仿真环境下运行。查看其中的sagemath/kernel.json：

{"display_name": "SageMath 8.2", "argv": ["/opt/sagemath-8.2/local/bin/sage", "--python", "-m", "sage.repl.ipython_kernel", "-f", "{connection_file}"]}

您可以在此处看到它具有一个sage可执行文件的UNIX样式的路径。此路径仅对在Sage的Cygwin环境下运行的其他程序有意义，对本机Windows程序没有意义。简单地将其转换为等效的Windows路径也不起作用，因为bin/sage实际上是一个shell脚本。至少您需要提供Cygwin随附的bash的 Windows 路径，并将 UNIX 路径传递给sage可执行文件（与上面的相同）。如果没有登录外壳，则大多数环境变量也不会设置，因此您可能需要bash -l。

所以，像这样：

{"display_name": "SageMath 8.2", "argv": ["C:\\Program Files\\SageMath 8.2\\runtime\\bin\\bash.exe", "-l", "/opt/sagemath-8.2/local/bin/sage", "--python", "-m", "sage.repl.ipython_kernel", "-f", "{connection_file}"]}

可能起作用。我不确定的一件事是{connection_file}参数是否会被正确处理。我还没有测试。

更新：确实，以上内容部分起作用，但是存在一些问题：{connection_file}参数作为Windows绝对路径传递给文件。虽然Cygwin通常可以从Windows路径透明地转换为相应的UNIX路径，但是known issue上Cygwin上的Python os.path模块不能很好地处理Windows样式的路径，这会导致问题。

我遇到的另一个主要问题是IPKernelApp这个驱动通用Jupyter内核的类具有一个线程，该线程进行轮询以查看内核的父进程（在本例中为笔记本服务器）是否已退出，因此它如果家长关闭，可以适当关闭。这是内核知道在杀死笔记本服务器时自动关闭的方式。

如何完成此操作因平台而异-Windows与类似UNIX的平台不同。由于Sage的内核在Cygwin中运行，因此它选择了类似UNIX的轮询器。但是，如果笔记本服务器恰好是本地Windows进程，则这是错误的，就像在Windows本地Jupyter中运行Sage内核时一样。值得注意的是，parent poller for Windows 在Cygwin上也可以正常工作，因为它通过ctypes访问Windows API。因此，可以通过为IPKernelApp提供一个包装程序来强制使用ParentPollerWindows来解决此问题。

然后可能的解决方案如下所示：从SageMath Shell中执行：

$ cd ~
$ mkdir -p ./local/share/jupyter/kernels/sagemath
$ cd ./local/share/jupyter/kernels/sagemath
$ cat <<_EOF_ > kernel-wrapper.sh
#!/bin/sh
here="$(dirname "$0")"
connection_file="$(cygpath -u -a "$1")"
exec /opt/sagemath-8.2/local/bin/sage --python "${here}/kernel-wrapper.py" -f "${connection_file}"
_EOF_
$ cat <<_EOF_ > kernel-wrapper.py
from ipykernel.kernelapp import IPKernelApp as OrigIPKernelApp
from ipykernel.parentpoller import ParentPollerWindows
from sage.repl.ipython_kernel.kernel import SageKernel


class IPKernelApp(OrigIPKernelApp):
    """
    Although this kernel runs under Cygwin, its parent is a native Windows
    process, so we force use of the ParentPollerWindows.
    """

    def init_poller(self):
        if self.interrupt or self.parent_handle:
            self.poller = ParentPollerWindows(self.interrupt,
                                              self.parent_handle)


IPKernelApp.launch_instance(kernel_class=SageKernel)
_EOF_

现在编辑kernel.json（在share\jupyter\kernels\sagemath下的现有位置）以读取：

{"display_name": "SageMath 8.2", "argv": ["C:\\Program Files\\SageMath 8.2\\runtime\\bin\\bash.exe", "-l", ".local/share/jupyter/kernels/sagemath/kernel-wrapper.sh", "{connection_file}"]}

此命令运行kernel-wrapper.sh，而后者依次运行kernel-wrapper.py。（我可以做一些简化，以完全摆脱对kernel-wrapper.sh的需求，但这在包含PyCygwin的SageMath 8.3中会更容易。）

如您所见，这并非微不足道，而且绝不是故意设计的。但这是可以完成的。内核本身启动并运行后，只需通过TCP / IP套接字与之对话即可，因此在此之后不会涉及太多魔术。我相信在Jupyter方面和Sage方面都可以进行一些小的改进，这些改进将来会促进这种事情的发生。

如何在Anaconda中安装SageMath内核？

1 个答案: