Question

我想获得未来物种分布建模方案的所有生物气候变量。所以我使用worldclim数据库中的三个变量在“dismo”包中运行“biovars”函数，我得到了12层的RasterBrick：

>prec<-stack(paste(getwd(),"/prec_2080/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_prec_",1:12,".bil",sep=""))
>tmin<-stack(paste(getwd(),"/tmin_2080/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_tmin_",1:12,".bil",sep=""))
>tmax<-stack(paste(getwd(),"/tmax_2080/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_tmax_",1:12,".bil",sep=""))
>x<-biovars(prec=prec,tmin=tmin,tmax=tmax)
> x
class       : RasterBrick 
dimensions  : 3600, 8640, 12  (nrow, ncol, nlayers)
resolution  : 0.04166667, 0.04166667  (x, y)
extent      : -180, 180, -60, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
projection  : NA 
values      : C:/DOCUME~1/Marco/LOCALS~1/TMP/R_raster_tmp/raster_tmp_8984740455.grd 
min values  :     42 -65458  -1017      0     71      0 -65439     22     23     56 ... 
max values  :  65456    213      1  34159  65534  65513  65534  65507  65503  65518 ...

然而，我认为应该有19个bioclim变量。正如你所提到的那样，除了那里之外，biovars还有更多的论据，但我不知道它们是什么。你能救我一下吗？

另一个问题是我写错了这些变量：

>writeRaster(x,paste(getwd(),"/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_1.grd",sep=""))
Error in dim(res) <- c(ncols, raster@data@nlayers * nrows) : 
  dims [product 933120] do not match the length of object [889920]

并且，当我尝试逐个编写它们时，我收到以下错误：

>for (i in 10:12) {
>writeRaster(x[[i]],paste(getwd(),"/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_",i,".grd",sep=""),overwrite=TRUE)
}
Error in result[, i] <- readBin(raster@file@con, what = dtype, n = ncols,  : 
  replacement has length zero

三个输入变量具有相同的尺寸，例如：

> prec
class       : RasterStack 
dimensions  : 3600, 8640, 12  (nrow, ncol, nlayers)
resolution  : 0.04166667, 0.04166667  (x, y)
extent      : -180, 180, -60, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
projection  : NA 
min values  : 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
max values  : 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 ...

有人可以解释原因吗？提前谢谢〜

Answer 1

这确实是一个错误。它已在0.5-19版本中修复，应该可以在24小时内从R-Forge获得，并且很快就可以从CRAN获得。 RH

Answer 2

我在过去发现了这个功能同样的问题，所以现在我看起来更深一点了。 biovars的帮助页面声明它将接受三个参数，即矢量，矩阵或rasterStack / Bricks。对于这三种情况，参数应分别具有12个月的长度，宽度或深度，返回值的长度，宽度或深度均为19个。

3个向量参数的帮助页面示例返回19个值的向量。这很好。

tmin.V <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12)
tmax.V <- tmin.V + 5
prec.V <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0)
biovars(prec.V, tmin.V, tmax.V)

一个包含三个2x12矩阵的示例返回一个2x19矩阵，也可以正常工作。

tmin.M <- rbind(tmin.V, tmin.V+1)
tmax.M <- rbind(tmax.V, tmax.V+1)
prec.M <- rbind(prec.V, prec.V+1)
biovars(prec.M, tmin.M, tmax.M)

但是使用rasterstacks和rasterbricks你不会获得19个值。我相信这是一个错误。我在worldclim.org的真实* .bil数据上运行了biovars，并复制了12个值的答案结果。我尝试使用下面的虚拟代码返回错误（不明白为什么），但如果你想详细解释你的问题给R. Hijmans可能会有用。当我使用已经裁剪的worldclim * .bil数据调用biovars时，我也会遇到同样的错误。

dup12 <- function(clim.M) {
  raslist = list()
  for(i in 1:12) raslist = c(raslist, raster(clim.M))
  do.call(stack, raslist)
}
tmin.S <- dup12(tmin.M)
tmax.S <- dup12(tmax.M)
prec.S <- dup12(prec.M)
biovars(prec.S, tmin.S, tmax.S)

Error in v[tr$row[i]:(tr$row[i] + tr$nrows[i] - 1), ] <- p : 
  number of items to replace is not a multiple of replacement length

使用dismo包创建生物气候变量的问题

2 个答案: