Question

我想使用dismo（R包）下载物种分布分析的gbif物种出现数据。我已阅读指南，并在大多数情况下成功进行了分析。我在这里使用了代码。

gbif("genus","species", geo=FALSE)

但是，我想将某些亚种分开进行分析。我是否可以通过任何方式从某些亚种中提取信息？

Answer 1

根据gbif的文档和dismo的插图，我们可以将*附加到物种名称，以获取该物种名称下的所有变体。以下示例来自小插曲，下载 Solanum acaule 下的所有记录。

acaule <- gbif("solanum", "acaule*", geo = FALSE)

结果数据框acaule包含115个变量，大约有7000条记录。在这些变量中，scientificName列包含该记录的全名。我们可以使用该列来识别与某个亚种相关的记录。

例如，我们可以先使用table函数查看每个物种名称的数量。

table(acaule$scientificName)

                             Solanum acaule Bitter 
                                              5608 
                      Solanum acaule subsp. acaule 
                                              1444 
Solanum acaule subsp. punae (Juz.) Hawkes & Hjert. 
                                                14 
           Solanum acaule var. punae (Juz.) Hawkes 
                                                 9 
       Solanum acaule var. subexinterruptum Bitter 
                                                 2 
                        Solanum schreiteri Bukasov 
                                                 2 
                         Solanum uyunense Cárdenas 
                                                 2

现在我们可以根据scientificName中的关键词对数据框进行子集化，以找到我们想要的记录。假设我们只想在subsp.中使用scientificName的记录，我们可以执行以下操作：

acaule_sub <- subset(acaule, grepl("subsp.", scientificName, fixed = TRUE))

现在acaule_sub是一个包含1458条记录的数据框，这些记录都是科学名称与“subsp。”相关联的记录。

不确定这是否是您所需要的，但我希望它有所帮助！

使用R软件包（dismo）下载亚种数据

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