我有一个非常奇怪的问题。我正在以“城市”为因素之一的lme混合效果模型上运行方差分析。共有3个城市可供选择，其级别按默认值按字母顺序组织。但是，如果我使用df$v1 <- factor(df$v1, levels=c(B, A, C)命令按纬度对城市进行排序（从而更改了顺序），那么我的方差分析结果将获得完全不同的p值。我的lme模型是：mod <- lme(v3~v2*v1, random=~1|v4, data=df)。对于我的方言，我的代码是：anova(mod, type = 'marginal')
str(df)
'data.frame': 5157 obs. of 6 variables:
$ family : Factor w/ 296 levels "A_101","A_102",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
...
$ individual: Factor w/ 50 levels "1","10","1001",..: 1 17 21 32 43 46 47 48
49 2 ...
$ city : Factor w/ 3 levels "Miami","Tallahassee",..: 3 3 3 3 3 3 3 3 3
3 ...
$ habitat : Factor w/ 2 levels "Swamp","Beach": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
$ temp : int 21 21 21 21 21 21 21 21 21 21 ...
$ shell_size : num 0.673 0.657 0.658 0.695 0.67 0.668 0.683 0.681
0.673 0.648 ...
head(df)
family individual city habitat temp shell_size
A_101 1 Miami Swamp 21 0.673
A_102 2 Miami Swamp 23 0.657
A_103 3 Tallahassee Beach 31 0.658
A_104 4 Key Largo Beach 33 0.695
A_105 5 Tallahassee Swamp 26 0.670
A_106 6 Key Largo Swamp 31 0.668
如何更改城市顺序可能会更改p值？不应该！我对城市变量进行了lsmeans的设置（默认（按字母顺序）和按纬度排列），两个测试结果相同。