我想开发一个Java desktop application。这个应用将generate word documents关于患者。在某些模板中会有一些固定和可变字段，列。
系统将是这样的：我将保留患者信息（这些是变量）将有一些消息，不同模板的问题（固定变量）患者将回答问题，他们也将被存储。在患者回答问题后，提供他们的信息，申请将generate form/s（这种形式有固定的对齐，边界等）。患者也会给他们的照片，他们将被存储在数据库中。
系统用户可以print，并且能够search文档，用户等。
我会问你如何开发该应用程序，我的意思是如何在正确的地方keep templates，write the information to the form，组织更好的database，整理照片等。
我对开发程序（数据库端，Java桌面应用程序端，更好的gui建议等）的其他建议持开放态度。
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我真的没有看到你的问题与数据库设计有什么关系。如果您将使用桌面上的客户端应用程序创建Word文档，则可能从那里获得数据（至少在创建Word文档期间）。数据也存储在服务器上是不相关的（对于Word文档）。
已经存在关于Word and Java的问题，因此您可以阅读该信息以获取一些信息。
如果您决定生成Word（POI，通过OpenOffice，COM界面），您可能希望在创建Word文件之前从服务器获取模板，图像和其他数据（并删除它）之后），或者让服务器创建Word文件。
作为替代方案，我建议您查看RTF格式。 Word支持富文本格式，可以有图像，并且更容易处理（Java包含Standard RTF editor kit，我不知道它有多好。）