skimage.measure.mesh_surface_area的单位是什么?

时间:2018-06-27 13:32:20

标签: python mesh surface units-of-measurement

亲爱的Python社区

我想在称为n1的3D体积中计算白色相的体积/表面(体素值= 1)。我是这样计算体积的:

flatten_array = n1.flatten() white_vx_nb = np.bincount(flatten_array)[1]

对于我编码的表面:

verts, faces, normals, values = measure.marching_cubes_lewiner(n1) surf_area = measure.mesh_surface_area(verts, faces)

知道n1.shape是 (1080、1280、1280),每个体素都是100nm /边缘立方体

因此,我先使用skimage.measure.marching_cubes_lewiner,然后使用skimage.measure.mesh_surface_area,它的工作原理很吸引人,但我对表面单元不满意。在文档中这样写: “网格的表面积。现在的单位[坐标单位] ** 2”和“对于正确的单位输出,请确保将正确的间距传递给skimage.measure.marching_cubes。” 间距定义为“间距:浮点数的长度为3的元组 在空间尺寸上的体素间距与体积中对应的numpy数组索引尺寸(M,N,P)相对应。”

以下反射对您来说是否正确?

[坐标单位] ** 2表示[1体素边缘] ** 2?所以说surf_area = 45805036意味着45805036 * 100 ** 2 nm2

体积为385988657 * 100 ** 3 nm3

所以我的特征长度是(385988657 * 100 ** 3/45805036 * 100 ** 2)nm = 842.68 nm

谢谢您的帮助

Chloe

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