lmer需要太多时间来运行大型数据集

时间:2018-06-25 13:22:06

标签: r lme4 mixed-models

我有一个巨大的数据框(31584行),其中包含跨多个地区和多年收集的农作物产量数据。

每个地区都嵌套在一个州内,每个州都嵌套在ACZ或气候带内。

我想建立一个以产量为响应和11个气候变量(其中之一是干旱指数)的混合模型

我还有另一个分组变量,将灌溉水平分类为低,中或高。

我指定的模型如下:

mod <- lmer(crop.yield ~ # 11 climate variables + year + (1|ACZ) + (1|state) + (1 + year|district) +  (1 + drought|irrigation), REML = FALSE, data = dat)

如果我对它的理解正确,那么我指定的是年份趋势因地区而异。同样,干旱的影响也根据灌溉水平而变化。我希望我的理解是正确的。

我需要一些有关如何使我的lme4更快安装的建议。当我运行上面的命令时,它花费了太多时间。现在已经一个小时了,命令仍在运行。我需要一些有关如何使其更快的建议?

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