如何为多帧TIFF文件定义3D numpy数组中的采样率?

时间:2018-06-23 21:30:44

标签: python tiff frames frequency-analysis numpy-ndarray

我有一个多帧TIF文件,该文件记录了神经元荧光强度随时间的变化。 TIF文件具有80 x 60像素和2000帧。

我想分析每个像素的荧光强度变化的频率,为此,我需要定义帧的采样率。 现在,我有一个3D数组,每个帧的像素坐标为(x,y),z轴投影中的帧数为3D。 我已使用以下脚本将多帧TIF文件转换为3D numpy数组。

from PIL import Image

import numpy as np

img = Image.open('C:/Users/Desktop/demoMovie.tif')

images = []

for i in range(2000):
    try:
        img.seek(i)
        slice_ = np.zeros((80, 60))
        for j in range(slice_.shape[0]):
            for k in range(slice_.shape[1]):
                slice_[j,k] = img.getpixel((j, k))
        images.append(slice_)
    except EOFError:
        # Not enough frames in img
        break
return np.array(images)

有什么方法可以及时转换与帧频频率相对应的帧数(z轴),以便我可以分析每个像素的荧光强度频率?

非常感谢您的帮助。

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