Question

现在关闭的discussion显示了如何在python中使用R dtw软件包。这有点笨拙，但是R dtw软件包很棒并且比当前可用的python dtw实现更好。不幸的是，当尝试指定“ window.size”时，像Sakoe-Chiba波段之类的窗口功能不起作用。到参数的映射似乎存在问题。注意 ”。”使用rpy2时，应将参数中的in替换为“ _”。但是遵循此约定，出于某种原因未使用该参数。

import numpy as np

import rpy2.robjects.numpy2ri
from rpy2.robjects.packages import importr
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

# Set up our R namespaces
R = rpy2.robjects.r
DTW = importr('dtw')

# Generate our data
idx = np.linspace(0, 2*np.pi, 100)
template = np.cos(idx)
query = np.sin(idx) + np.array(R.runif(100))/10

# Calculate the alignment vector and corresponding distance
alignment = R.dtw(query, template, keep=True,window_type='sakoechiba',
                     window_size=5)

>>> RRuntimeError: Error in window.function(row(wm), col(wm), query.size= n, reference.size = m,  : 
 argument "window.size" is missing, with no default

您可以看到，尽管以rpy2方式明确指定了“ window_size”，但错误状态“ window.size”仍然丢失。

Answer 1

回答我自己的问题，以防有人遇到相同的问题。问题在于参数映射和R三个点省略号“ ...”。可以通过手动指定映射来解决。

from rpy2.robjects.functions import SignatureTranslatedFunction

R.dtw = SignatureTranslatedFunction(R.dtw,
                        init_prm_translate={'window_size': 'window.size'})

因此，在此规范中，正确使用了window_size参数。

import numpy as np

import rpy2.robjects.numpy2ri
from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects.functions import SignatureTranslatedFunction
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()

# Set up our R namespaces
R = rpy2.robjects.r
DTW = importr('dtw')
R.dtw = SignatureTranslatedFunction(R.dtw,
                      init_prm_translate={'window_size': 'window.size'})

# Generate our data
idx = np.linspace(0, 2*np.pi, 100)
template = np.cos(idx)
query = np.sin(idx) + np.array(R.runif(100))/10

# Calculate the alignment vector and corresponding distance
alignment = R.dtw(query, template, keep=True,window_type='sakoechiba',
                     window_size=10)
dist = alignment.rx('distance')[0][0]

print(dist)
>>> 117.348292359

Answer 2

这只是将来的注释：feature-equivalent dtw-python package（也可以找到on PyPI）取代了这个问题。不再需要rpy2-R-dtw网桥。

python中的rpy2动态时间规整（dtw）-窗口不起作用

2 个答案: