距离仅近点

Question

给定一组X个点，是否存在一种有效的方法来计算仅包含小于阈值r的值的部分成对距离矩阵？

当然，我可以使用spatial.distance.pdist计算整个成对距离矩阵，并且只取足够小的条目。但是，对于r远小于点集X的直径而言，这将导致大量的计算浪费。