Numpy svd vs Scipy.sparse svds

时间:2018-06-16 02:41:29

标签: python numpy scipy sparse-matrix svd

我正在为Python中的稀疏未确定系统实现求解器(讨论here),我试图在SciPy中重建使用标准numpy svd函数(numpy.linalg.svd)的nullspace函数cookbook使用scipy.sparse版本的svd(scipy.sparse.linalg.svds),但它为我运行的示例输出了不同的左右奇异向量 - 包括矩阵:

[[1,1,0,0,0],[0,0,1,1,0],[1,1,1,1,1]]  
[[1,0,1],[1,1,0],[0,1,1]]

为什么这两个求解器为上面的矩阵产生两个不同的svd输出?我该怎么做才能确保相同的输出?

修改

以下是一个示例: table csc_matrix

table.todense()  = matrix([[1,1,0,0,0],[0,0,1,1,0],[1,1,1,1,1]],dtype=int64)

因此,以下代码输出

numpy.linalg.svd(table.todense()) =  
[[ -3.64512933e-01   7.07106781e-01  -6.05912800e-01]  
[ -3.64512933e-01  -7.07106781e-01  -6.05912800e-01]  
[ -8.56890100e-01   2.32635116e-16   5.15499134e-01]]  
-----------------------------------------------------
[ 2.58873755  1.41421356  0.54629468]
-----------------------------------------------------
[[ -4.7181e-01 -4.7181e-01 -4.7181e-01 -4.7181e-01 -3.3101e-01]
[5e-01   5e-01  -5e-01  -5e-01 6.16450329e-17]
[-1.655e-01  -1.655e-01  -1.655e-01  -1.655e-01  9.436e-01]
[5e-01  -5e-01  -5e-01   5e-01 -1.77302319e-16]
[-5e-01  5e-01  -5e-01   5e-01 2.22044605e-16]]

以下

scipy.sparse.linalg.svds(table,k=2)=  
[[  7.07106781e-01,  -3.64512933e-01],
[ -7.07106781e-01,  -3.64512933e-01],
[  2.73756255e-18,  -8.56890100e-01]]
-------------------------------------
[ 1.41421356,  2.58873755]
-------------------------------------
[[  5e-01,   5e-01,  -5e-01, -5e-01,   1.93574904e-18],
[ -4.71814e-01,  -4.71814e-01,  -4.71814e-01, -4.71814e-01,  -3.31006e-01]]

请注意,两个解决方案之间存在相当多的值重叠。此外,scipy.sparse.linalg.svds函数不允许k大于或等于min(table.shape),这就是我选择k = 2的原因。

2 个答案:

答案 0 :(得分:2)

您发布的问题中的输出对我来说很好。在numpy调用中,您正在计算每个奇异值,而在scipy代码中,您只计算前k个奇异值,并且它们与numpy输出中的前k匹配。

稀疏的顶级k svd不会让你计算每个奇异值,因为如果你想这样做,那么你可以使用完整的svd函数。

下面我列出了一些代码供您自行查看。需要注意的是,虽然numpy和scipy全svds可以很好地重建原始矩阵,但顶级k svd不能。这是因为你扔掉了数据。通常这很好,因为你可以接近足够近。问题是如果与顶部k一起使用的SVD可以用作原始矩阵的低秩近似,而不是替代。

为清楚起见,我对此的体验来自为原作者A Sparse Plus Low-Rank Exponential Language Model for Limited Resource Scenarios实现本文的python,并行版本。

import numpy as np                                                                                   
from scipy import linalg                                                                            
from scipy.sparse import linalg as slinalg                                                           

x = np.array([[1,1,0,0,0],[0,0,1,1,0],[1,1,1,1,1]],dtype=np.float64)                                 

npsvd = np.linalg.svd(x)                                                                             
spsvd = linalg.svd(x)                                                                                
sptop = slinalg.svds(x,k=2)                                                                          

print "np"                                                                                           
print "u: ", npsvd[0]                                                                                
print "s: ", npsvd[1]                                                                                
print "v: ", npsvd[2]                                                                                

print "\n=========================\n"                                                                

print "sp"                                                                                           
print "u: ", spsvd[0]                                                                                
print "s: ", spsvd[1]                                                                                
print "v: ", spsvd[2]                                                                                

print "\n=========================\n"                                                                

print "sp top k"                                                                                     
print "u: ", sptop[0]                                                                                
print "s: ", sptop[1]                                                                                
print "v: ", sptop[2]                                                                                

nptmp = np.zeros((npsvd[0].shape[1],npsvd[2].shape[0]))                                              
nptmp[np.diag_indices(np.min(nptmp.shape))] = npsvd[1]                                               
npreconstruct = np.dot(npsvd[0], np.dot(nptmp,npsvd[2]))                                             

print npreconstruct                                                                                  
print "np close? : ", np.allclose(npreconstruct, x)                                                  

sptmp = np.zeros((spsvd[0].shape[1],spsvd[2].shape[0]))                                              
sptmp[np.diag_indices(np.min(sptmp.shape))] = spsvd[1]                                               
spreconstruct = np.dot(spsvd[0], np.dot(sptmp,spsvd[2]))                                             

print spreconstruct                                                                                  
print "sp close? : ", np.allclose(spreconstruct, x)                                                  

sptoptmp = np.zeros((sptop[0].shape[1],sptop[2].shape[0]))                                           
sptoptmp[np.diag_indices(np.min(sptoptmp.shape))] = sptop[1]                                         
sptopreconstruct = np.dot(sptop[0], np.dot(sptoptmp,sptop[2]))                                       

print sptopreconstruct                                                                               
print "sp top close? : ", np.allclose(sptopreconstruct, x)

答案 1 :(得分:0)

u,sigma,v = numpy.linalg.svd(A)

等于

u,sigma,v = scipy.sparse.linalg.svds(A,k=min(A.shape[0],A.shape[1]))
u = -u[:,::-1]
v = -v[::-1,:]
sigma = sigma[::-1]