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我正在使用R
plotly
绘制forst plot,其中我按照相应的p值对点和错误进行颜色编码。
以下是数据:
set.seed(1)
factors <- paste0(1:25,":age")
effect.sizes <- rnorm(25,0,1)
effect.errors <- abs(rnorm(25,0,1))
p.values <- runif(25,0,1)
我正在添加hoverover
文字:
text.vec <- paste0(paste0("Factor: ",factors),"\n","Effect Size: ",effect.sizes,"\n","Effect Error: ",effect.errors,"\n","P-Value: ",p.values)
然后将其全部绘制出来:
yform <- list(categoryorder = "array",
categoryarray = rev(factors),
title="Factor",zeroline=F,showticklabels=T)
library(grDevices)
mycramp <- colorRamp(c("darkred","gray"))
mycolors <- rgb(mycramp(p.values),maxColorValue = 255)
library(plotly)
plot_ly() %>%
colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value",inherit=FALSE) %>%
add_trace(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,text=~text.vec,hoverinfo="text",
color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)
给出:
因此颜色编码效果很好。但是,似乎图中误差条的长度与effect.errors
不对应。例如:
> factors[7]
[1] "7:age"
> effect.sizes[7]
[1] -0.8721795
> effect.errors[7]
[1] 0.1324996
和
> factors[11]
[1] "11:age"
> effect.sizes[11]
[1] -1.198534
> effect.errors[11]
[1] 0.8714454
但是在图中你看到7:age
的误差条比11:age
的误差条长得多。
在致电error_x
function
时,我是否遗漏了一些参数?