Question

我尝试使用R plotly创建forest plot，我希望通过相应的p值对效果大小（点）及其误差条进行颜色编码

以下是玩具数据：

set.seed(1)

factors <- paste0(1:25,":age")
effect.sizes <- rnorm(25,0,1)
effect.errors <- abs(rnorm(25,0,1))
p.values <- runif(25,0,1)

这是我尝试的内容：

library(dplyr)
plotly::plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray"))) %>%
      plotly::add_trace(error_x=list(array=effect.errors),marker=list(color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")))) %>%
      plotly::colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value") %>%
      plotly::layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=list(title="Factor",zeroline=F,showticklabels=T))

给了我：

除了：

之外，这与我想要的非常接近

我希望颜色的误差线类似于效果尺寸（通过相应的p值）。
删除trace

colorbar

y轴上的标签顺序是factors

有什么想法吗？

Answer 1

好吧我花了一些时间来热身plotly技能。由于你的第一点是最困难的，我会反过来看你的观点。

1. 可以通过使用layout操纵categoryorder来解决这个问题。以及categoryarray列表中的yaxis（参见motos回答here）
1. 设置showlegend=FALSE
1. 这很棘手。我不得不在第一行中移动你的第二行（错误条）。添加了颜色向量。把它放在plot_ly - 函数中。使用split允许按组正确着色。为marker - 列表中的点添加了颜色。另外，我通过p.values to hex转换了colorRamp - 因为每个更简单的解决方案对我都不起作用。

看起来像这样：

代码（colorbar创建了一些问题）：

### Set category order
yform <- list(categoryorder = "array",
              categoryarray = rev(factors),
              title="Factor",zeroline=F,showticklabels=T)

### set the color scale and convert it to hex
library(grDevices)
mycramp<-colorRamp(c("darkred","gray"))
mycolors<-rgb(mycramp(p.values),maxColorValue = 255)

### plot without the adjusted colorbar
library(plotly)
### Without colorbar adjustment
  plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

  ### The colorbar-adjustment kicks out the original colors of the scatter points. Either you plot them over
  plot_ly(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform) %>%
  colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value",inherit=FALSE) %>%
      add_trace(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
            showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors),inherit=FALSE) %>%
    layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

  ### or you try to set the colorbar before the plot. This results in some warnings
  plot_ly() %>%
  colorbar(limits=c(0,1),len=0.4,title="P-Value",inherit=FALSE) %>%
      add_trace(type='scatter',mode="markers",y=~factors,x=~effect.sizes,
          color=~p.values,colors=grDevices::colorRamp(c("darkred","gray")),
          error_x=list(array=effect.errors,color=mycolors),split=factors,showlegend=FALSE,marker=list(color=mycolors)) %>%
      layout(xaxis=list(title="Effect Size",zeroline=T,showticklabels=T),yaxis=yform)

奇怪的是，第一点难以解决并导致如此大的代码括号，因为通常plotly非常支持管道逻辑，并且您获得了一个包含所有{{1}的非常易读的代码}-功能。

我期望例如，某些add - 函数，但显然您必须在add_errorbar - 函数中添加错误栏，并且只有使用{{1时错误的颜色向量才有效}}-功能。如果有人想用更可读的代码评论或发布替代答案，那将会很有趣。

Answer 2

通过首先构建ggplot2图并使用ggplotly：

，这是一个想法

创建数据框：

df <- data.frame(factors = factor(factors, levels = factors), #note the order of the levels which determines the order of the y axes
                 effect.sizes = effect.sizes,
                 effect.errors = effect.errors,
                 p.values = p.values)

创建ggplot图：

library(ggplot2)
library(plotly)

ggplot(df)+
  geom_vline(xintercept = 0, color = "grey50") +
  geom_point(aes(y = factors,
                 x = effect.sizes,
                 color = p.values)) +
  geom_errorbarh(aes(y = factors,
                     xmin = effect.sizes - effect.errors,
                     xmax = effect.sizes + effect.errors,
                     x = effect.sizes,
                     color = p.values)) +
  scale_color_continuous(low = "darkred", high = "gray")+
  theme_bw() +
  xlab("Effect Sizes")+
  ylab("Factors") +
  theme(panel.border = element_blank(),
        plot.margin = margin(1, 1, 1, 1, "cm")) -> p1


ggplotly(p1)

数据：

set.seed(1)
factors <- paste0(1:25,":age")
effect.sizes <- rnorm(25,0,1)
effect.errors <- abs(rnorm(25,0,1))
p.values <- runif(25,0,1)

绘图散点图中的颜色编码误差条

2 个答案: