用meffil进行Illumina EPIC甲基化分析

Question

我试图用meffil包对新的Illumina EPIC芯片甲基化数据进行质量控制。 我之前使用过Illumina 450k，然后我使用了以下命令：

qc.parameters <- meffil.qc.parameters(beadnum.samples.threshold = 0.1,
                                      detectionp.samples.threshold = 0.1,
                                      detectionp.cpgs.threshold = 0.1,
                                      beadnum.cpgs.threshold = 0.1,
                                      sex.outlier.sd = 5,
                                      snp.concordance.threshold = 0.95,
                                      sample.genotype.concordance.threshold = 0.8)

qc.summary <- meffil.qc.summary(qc.objects, parameters = qc.parameters, genotypes=genotypes)

但对于450K，我有一个基因型文件。对于EPIC芯片，我只有.idat文件。有谁知道如何从EPIC芯片中调用基因型？