从Illumina BaseSpace下载数据

Question

我希望能够以fastq格式从BaseSpace下载数据。我知道您可以通过浏览器下载数据，但我想使用Linux命令行来完成此操作。

我已经在考虑创建一个API，但我没有任何经验......

有没有一种简单的方法可以达到这个目的？

Answer 1

有basemount - Illumina开发的工具 - 简化了您想要做的事情。使用basemount，我可以在我的linux机器上安装我的BaseSpace Sequence Hub。

例如，当我跑：

mkdir BaseSpace    
basemount BaseSpace

我得到一个文件夹（BaseSpace），其目录结构与我的BaseSpace帐户网站中显示的目录结构相同。然后，要将文件从BaseSpace复制到我的本地计算机，我只需：

cp BaseSpace/path/to/file/fileName /path/in/local/machine/

请查看documentation，了解如何安装basemount并登录到您的BaseSpace帐户。

Answer 2

我正在使用API​​做同样的事情，但这里的脚本似乎是一个用户友好的包装器：

https://github.com/nh13/basespace-invaders

当您选择https://developer.basespace.illumina.com/上的“创建新应用程序”时，它需要您收到的凭据;这一点都不困难，上面github的README页面有一些说明。