ggsurvplot：从函数调用时无法使用survfit

Question

我试图绘制一个生存情节，并在尝试将我的幸存函数移动到主函数时遇到问题，我可以将其称为不同的数据集。当我运行代码时

fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)

allsurv <- function(fit){
ggsurvplot(
fit,
pval = TRUE,
pval.coord = c(200, 0.10), 
conf.int = TRUE,
xlab = "Days",
ggtheme = theme_light(), 
surv.median.line = "hv", 
legend.labs = c("Female","Male"),
legend.title = "",
palette = c("#8C3F4D","#3E606F")) + 
scale_y_continuous(expand = c(0.02, 0.02),breaks = seq(from = 0, to = 1, by = 0.1),labels=percent) + 
scale_x_continuous(expand = c(0.006, 0.006),
                   limits = c(0,366*12), breaks = seq(0, 4392, 100))
}

allsurv(fit)

该功能正常绘制

然而，当我从一个函数调用了survfit时：

fit_all <- function(x){
 survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = x)
}

allsurv(fit_all(lung))

我收到错误：＆＃34; eval中的错误（适合$ call $ data）：object＆＃39; x＆＃39;找不到＆＃34;

对我做错的任何想法？

Answer 1

我设法让它发挥作用。对于有同样问题的其他人。问题似乎是由自己调用函数或从不同函数返回的函数引起的。

 fit_all(lung) 

返回Call：survfit（公式= Surv（时间，状态）〜性别，数据= x）

fit 

返回Call：survfit（公式= Surv（时间，状态）〜性别，数据=肺）

似乎ggsurvplot将调用中的数据视为绘图的数据，并从另一个函数'data = x'调用。似乎过去的方法是在ggsurvplot中的幸存函数之前定义数据。

allsurv <- function(fit, x){
ggsurvplot(
data = x,
fit,
pval = TRUE,
pval.coord = c(200, 0.10), 
conf.int = TRUE,
xlab = "Days",
ggtheme = theme_light(), 
surv.median.line = "hv", 
legend.labs = c("Female","Male"),
legend.title = "",
palette = c("#8C3F4D","#3E606F")) + 
scale_y_continuous(expand = c(0.02, 0.02),breaks = seq(from = 0, to = 1, by = 0.1),labels=percent) + 
scale_x_continuous(expand = c(0.006, 0.006),
                   limits = c(0,366*12), breaks = seq(0, 4392, 100))
}

allsurv(fit_all(lung), lung)

Answer 2

Survminer包含一个函数groupby()，该函数充当groupdf = df.groupby('ID') for name,group in groupdf: for i in range(2): newdf.loc[newdf.ID==name, 'X0_{}'.format(i+1)] = \ group.sort_values(by=['IsTrue','DistanceToIdx'],ascending=True)['X'].values[i] newdf.loc[newdf.ID==name, 'X1_{}'.format(i+1)] = \ group.sort_values(by=['IsTrue','DistanceToIdx'],ascending=True)['X'].values[i+2] 的包装器。如果使用surv_fit而不是survfit，则返回对象的“调用”将包括整个数据帧，而不仅仅是surv_fit。在公式中调用ggsurvplot时，效果更好：

https://www.rdocumentation.org/packages/survminer/versions/0.4.6/topics/surv_fit

survfit