如何从幸存对象中提取值

时间:2013-10-23 17:02:03

标签: r extract survival-analysis

我创建了这个模型:

model <- survfit(Surv(time,status)~c$sex)
model

,输出为:

Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ c$sex)

             records n.max n.start events median 0.95LCL 0.95UCL
c$sex=female      15    15      15      8    720     517      NA
c$sex=male        28    28      28     23    234     145     712    

所以,我想提取男性的中位数和女性的中位数,但不知道该怎么做。 我试图这样做:

>model$median
NULL

>summary(model)$table[, "median"]
c$sex=female c$sex=male 
       720.0            234.5 

我想单独使用每个值(“720”和“234.5”),有人可以帮助我吗?

提前致谢

2 个答案:

答案 0 :(得分:5)

你已经知道了。您看到打印到屏幕的所有内容都是长度为2的矢量的names属性。

fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
summary(fit)$table
#                records n.max n.start events median 0.95LCL 0.95UCL
#x=Maintained         11    11      11      7     31      18      NA
#x=Nonmaintained      12    12      12     11     23       8      NA

#  Access first value like any other vector
summary(fit)$table[,'median'][1]
#x=Maintained 
#          31

要使用unname() ...

进行无名称打印
unname(summary(fit)$table[,'median'])
# [1] 31 23

但你不需要unname()将它们用作数值,这只是一种审美欲望......

sum( summary(fit)$table[,'median'] )
[1] 54

对于进一步的证明(!)它是一个向量使用str() ......

str(summary(fit)$table[,'median'])
# Named num [1:2] 31 23
# - attr(*, "names")= chr [1:2] "x=Maintained" "x=Nonmaintained"

答案 1 :(得分:4)

这也有效:

> library(survMisc)
> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
> median(fit)
                median
x=Maintained        31
x=Nonmaintained     23

没有名称(即删除data.frame的结构):

> unname(unlist(median(fit)))
[1] 31 23

如果您还需要置信区间(默认为'log'),那就太好了:

> median(fit, CI=TRUE)
                median lower upper
x=Maintained        31    13    NA
x=Nonmaintained     23     5    43