从终端，GUI和RStudio同步R系统设置

Question

我在我的MacOS上的问题是我可以使用来自GUI（也就是控制台，从CRAN下载），终端或来自RStudio的R，但我不能以相同的方式使用它们。

具体示例是我可以在终端和RStudio上使用rJava，但不能在GUI上使用。类似的东西发生在Rmarkdown pdf输出上。我经常从GUI获得错误但终端或RStudio上的一切都很好。如何将R GUI设置更新为与终端相同？

PS。例如，R CMD javareconf命令处理了终端R，但没有处理R GUI。

编辑：实际上并不是需要最小工作示例的东西，而是在安装后尝试library(rJava)。

R从终端呼叫（与RStudio相同）

没问题。

sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.5

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] C/UTF-8/C/C/C/C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0

R GUI

sessionInfo()
R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.5

Matrix products: default
BLAS: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0 tools_3.5.0 

Sys.getenv（）之间的一些区别是GUI有以下额外的

LD_LIBRARY_PATH                :@JAVA_LD@
DYLD_LIBRARY_PATH              /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-10.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server

简要更新：我能够通过using this link更正Rmarkdown情况并通过在R控制台上编写?Startup来阅读帮助。更改了Renviron上的R.home()/etc/文件。但仍然没有rJava。

Answer 1

对于R Markdown问题，我设法通过添加~/.Renviron文件并使用我从终端的PATH参数中获得的值定义Sys.getenv()参数来处理它。

唯一适用于rJava for High Sierra的是以下答案（虽然将版本更改为3.5）

https://stackoverflow.com/a/47685001/3608936