系统命令在R Studio中失败，但在终端机的R中工作

Question

我在R studio中有一个系统命令，但该命令失败，而同一命令在Mac中使用Terminal从R运行。有人可以暗示这里有什么问题吗？

从RStudio：

> system('/bin/qt query -i /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/9c810678b567d9a52dec9a86/5.gz -v -d /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/94047c0ddd9fb36a892047be/0.phe.db -p "Phe=2" -g "count(UNKNOWN)<=0" -p "Phe=2" -g "HOM_ALT" > /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/9c810678b567d9a52dec9a86/out.vcf')
gqt: SQL error 'no such table: ped' in query 'SELECT BCF_ID FROM ped WHERE Phe=2 ORDER BY BCF_ID;': No such file or directory

该错误消息似乎与该工具有关，但它也显示No such file or directory错误，而从终端使用相同的命令，如下所示。

从R终端：

> system('/bin/qt query -i /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/9c810678b567d9a52dec9a86/5.gz -v -d /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/94047c0ddd9fb36a892047be/0.phe.db -p "Phe=2" -g "count(UNKNOWN)<=0" -p "Phe=2" -g "HOM_ALT" > /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmprObPeS/9c810678b567d9a52dec9a86/out.vcf')

terminal命令将输出写入out.vcf文件。