我一直在使用primer-e来检查我的生物多样性数据。我的样本包括在昆虫的不同采样日期采集的不同样本（样本中物种的存在/不存在数据）。我用无约束的排序（PCO）检查了我的数据，但很难弄清楚数据的任何趋势。遵循安德森和威利斯（2003）的建议;我试图通过约束排序来检查我的数据，以试图揭示数据中隐藏的模式，这些模式通常可以在生态数据中被掩盖。根据他们的采样日期，我的样本很好地分组，我在图表顶部叠加了一个相关性，并找出了哪些物种主要负责数据云中的模式。
一切都很好，但现在我想准备出版图。但是，我有兴趣使用ggplot R inroder创建绘图，以便对我的图形具有一致的外观，并且在编辑图表的可见性时具有更大的灵活性，然后primer-e软件允许。
我发现纯素包可以使用'capscale'函数创建CAP标准。 http://cc.oulu.fi/~jarioksa/softhelp/vegan/html/capscale.html
然而，我怀疑它没有遵循Anderson和Willis（2003）所述的相同采购。具体来说，我没有看到它根据轴的数量选择轴（m）的数量来绘制数据，最小化样本的错误分类错误到组。
有没有人知道如何使用与primer-e相同的产品生成R中的CAP图？任何人都可以证实我的怀疑吗？
提前致谢。
安德森和威利斯（2003） - https://esajournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1890/0012-9658%282003%29084%5B0511%3ACAOPCA%5D2.0.CO%3B2