如何在加权cox比例风险回归中获得c-index或brier评分?

时间:2018-06-04 09:02:10

标签: r cox-regression

我想计算加权cox比例风险回归中的c指数或brier得分。

由于我有一个案例队列设计研究,我不能使用原始的cox模型。

但是,我找不到" coxphw"包装或" pec"包。

请让我知道如何做到这一点。

这是我的代码所实现的内容。

install.packages("randomForestSRC")
install.packages("pec")
install.packages("coxphw")

library(randomForestSRC)
library(pec)
library(coxphw)

data(pbc, package="randomForestSRC") 
pbc.na <- na.omit(pbc)

surv.f <- as.formula(Surv(days, status) ~ .)
pec.f <- as.formula(Hist(days, status) ~ 1)

cox <- coxph(surv.f, data = pbc.na)
w.cox <- coxphw(surv.f, data = pbc.na, template="AHR")

set.seed(17743)
prederror.cox <- pec(cox, data = pbc.na, formula = pec.f,
                     splitMethod = "cv5")
print(prederror.cox)
plot(prederror.cox)

set.seed(17743)
prederror.w.cox <- pec(w.cox, data = pbc.na, formula = pec.f,
                       splitMethod = "cv5")
print(prederror.w.cox)
plot(prederror.w.cox)

在这种情况下,&#34; prederror.cox&#34;工作得很好。

另一方面,&#34; prederror.w.cox&#34;没有用。

所以,我没有关于如何在&#34; pec&#34;中解决这个问题的信息。包裹或&#34; coxphw&#34;包。

请让我知道如何做到这一点。

永远感谢。

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