Question

我正在尝试使用Ranger计算的随机生存林中的预测来计算特定时间点的c-index。我知道这可以通过以下代码轻松完成coxph模型：

  cox_model = coxph(Surv(time, status == 1) ~ ., data = train)
  c_index_test  <- pec::cindex(cox_model, formula = Cox_model$formula, data=test, eval.times= c(30, 90, 730)) 
#want to evaluate at 1 month, 3 months, and 2 years

然而，尽管我可以使用rfsrc()生成的随机森林在这些时间点轻松计算c-index，但我无法使用游侠来完成。

除了pec cindex()函数（它不适用于类“ ranger ”的对象外，我还尝试了concordance.index函数（survcomp的一部分）包）并尝试使用predict.ranger函数生成生存概率预测的不同组合，但没有任何效果。

如果有人可以提供关于如何计算游侠RSF的c-index（在特定时间点和外部验证集上的）的代码，我将非常感激!!!我已经能够使用randomforestSRC做到这一点，但它只需要很长时间，我的R会话通常会超时，而且我实际上无法获得任何结果，包含> 10棵树的运行......

Answer 1

游侠包会计算Harrell的c-index，该值类似于一致性统计信息。如果您拥有拟合模型.... public partial class frmPersonnelVerified : System.Web.UI.Page { protected void Page_Load(object sender, EventArgs e) { //Utilize the textbox information to forward to the frmPersonnelVerified page from another page txtVerifiedInfo.Text = Session["txtFirstName"].ToString() + "\n" + Session["txtLastName"].ToString() + "\n" + Session["txtPayRate"].ToString() + "\n" + Session["txtStartDate"].ToString() + "\n" + Session["txtEndDate"].ToString(); } }，则属性rf等效于prediction.error。请查看以下link，了解更多详细信息。

用游侠计算一致性指数（R包）

1 个答案: