Question

我正在使用R包＆＃39; survcomp＆＃39;计算预测存活率与已知测试集存活率的c指数。但结果是它返回了NA。数据如下：

测试集已知存活率：

     OS.Time    OS.event
1   1686    0
2    517    0
3    7    0
4    1965    0
5    5748    0
6    495    0
7    10    0
8    365    1
9    1733    0

预测存活率（可能不是一个好的估计，但不应该影响c指数计算）：

0.11946905 0.27748710 0.88212024 0.19557143 0.09421667 0.27926806 1.53901710 1.03344646 0.73955159

用于计算c-index的R代码是：concordance.index(pred, test_surv$OS.Time, test_surv$OS.event, method="noether")$c.index。如上所述，NA返回。

这是因为测试集中只有一个事件吗？但我检查了c-index计算formular。似乎只有当分母为0时，c指数可以是NA，但不是上面的情况。

Answer 1

如果您查看代码，您会看到这是预期的行为：

if (sum(cc.ix) < 3) {
    if (msurv) {
        data <- list(x = x, surv.time = surv.time, surv.event = surv.event)
    }
    else {
        data <- list(x = x, cl = cl)
    }
    return(list(c.index = NA, se = NA, lower = NA, upper = NA, 
        p.value = NA, n = sum(cc.ix), data = data, comppairs = NA))

当事件数量为2或更少时，作者显然打算为几乎所有事情返回NA。（构建复制这一结论的实验并不困难。）

删失生存数据的一致性指数（c-index）返回NA

1 个答案: