Question

我试图对两张MRI图像进行微变形恶魔登记。到目前为止，处理流程一直是这样的：

颅骨剥离
各向异性扩散（平滑）
直方图匹配
仿射注册
Diffeomorphic Demons Registration

我没有提出这个过程，只是修复并清理了几个研究人员已经建立的切片软件工具。我是一名暑期学生，对领域不太熟悉，但我开始更不了解自己的情况。我在过去几周内无法解决的问题是这个错误：

itk::ExceptionObject (0x1231130)
Location: "void itk::ImageToImageFilter<TInputImage, TOutputImage>::VerifyInputInformation() [with TInputImage = itk::Image<itk::Vector<float, 3u>, 3u>; TOutputImage = itk::Image<itk::Vector<float, 3u>, 3u>]" 
File: /home/parallels/Desktop/Slicer-SuperBuild/ITKv4/Modules/Core/Common/include/itkImageToImageFilter.hxx
Line: 241
Description: itk::ERROR: DiffeomorphicDemonsRegistrationFilter(0x13870b0): Inputs do not occupy the same physical space! 
InputImage Origin: [7.9639916e+01, -1.1042095e+02, -1.0426932e+02], InputImageMovingImage Origin: [-8.8678563e+01, -1.4923204e+02, 1.2193930e+02]
    Tolerance: 1.5000000e-05
InputImage Spacing: [1.5000000e+01, 1.5000000e+01, 1.9199951e+01], InputImageMovingImage Spacing: [1.5154560e+01, 1.5108180e+01, 1.9319538e+01]
    Tolerance: 1.5000000e-05
InputImage Direction: 1.5926319e-08 1.4070701e-08 -1.0000000e+00
9.9237583e-01 -1.2324859e-01 1.4070700e-08
1.2324859e-01 9.9237583e-01 1.5926320e-08
, InputImageMovingImage Direction: -0.0000000e+00 5.5205551e-10 1.0000000e+00
5.5205551e-10 1.0000000e+00 -5.5205553e-10
-1.0000000e+00 5.5205551e-10 0.0000000e+00

    Tolerance: 1.0000000e-06

根据我的理解，微分形式配准依赖于两个图像重合，因此预先进行仿射配准步骤。但是出于某些原因，仿射变换并没有正确地排列这两个图像。结果，他们不会占据相同的物理空间。我显然遗漏了一些东西，但似乎无法弄清楚它是什么。

使用此file执行仿射注册（我在本地副本上进行了一些编辑，以符合切片器模块的输入/输出方式，但它们几乎完全相同）。创建的转换具有以下特征：

Optimizer stop condition: RegularStepGradientDescentOptimizerv4: Step too small after 33 iterations. Current step (9.76563e-05) is less than minimum step (0.0001).
 Result = 
 Center X      = -1.95155
 Center Y      = 11.6381
 Center Z      = 36.5165
 Translation X = 1.09423
 Translation Y = 0.021133
 Translation Z = -0.0154539
 Iterations    = 34
 Metric value  = 8974.52
 Scale 1         = 1.15384
 Scale 2         = 1.08962
 Angle (degrees) = -5.6116

以下代码用于将转换保存到文件中：

  // Write the transform to a file
  itk::TransformFileWriter::Pointer transformWriter = itk::TransformFileWriter::New();

  transformWriter->SetInput( registration->GetOutput()->Get() );
  transformWriter->SetFileName( outputMatrix.c_str() );
  transformWriter->Update();

使用此file执行恶魔注册（进行了一些编辑，但大部分都是相同的）。仿射变换在第799行加载。

Reading transform from transform input file.
Found: AffineTransform (0x1e0c0b0)
  RTTI typeinfo:   itk::AffineTransform<double, 3u>
  Reference Count: 3
  Modified Time: 1322
  Debug: Off
  Object Name: 
  Observers: 
    none
  Matrix: 
    1.01338 0.0887047 0.0223631 
    -0.11891 1.09423 0.021133 
    -0.0154539 0.0302253 1.14062 
  Offset: [-0.256888, -34.7809, -17.895]
  Center: [-1.95155, 11.6381, 36.5165]
  Translation: [1.56597, -32.6804, -12.3781]
  Inverse: 
    0.977286 -0.0787352 -0.0177019 
    0.105999 0.905809 -0.0188607 
    0.0104321 -0.0250698 0.876975 
  Singular: 0

编辑：注释掉以下行不会更改结果输出中的任何内容。即根本没有应用初始位移。仍然不知道为什么。

typedef typename itk::MultiResolutionPDEDeformableRegistration <ImageType, ImageType, DeformationFieldType, PixelType >   MultiResRegistrationFilterType;
typename MultiResRegistrationFilterType::Pointer multires = MultiResRegistrationFilterType::New();

// Commenting out this line doesn't change anything
multires->SetArbitraryInitialDisplacementField ( inputDefField );

Answer 1

您使用的Diffeomorphic Demons Registration代码似乎要求Fixed和Moving图片具有相同的物理空间，这意味着：

来源
间距
尺寸

您是否尝试resample moving image fixed image空格，然后使用此Diffeomorphic Demons Registration和resampled moving image致电fixed image？

我不知道这个EZminc代码，但看起来它需要两个输入以某种方式在同一个空间中。

ITK过滤器错误：＆＃34;输入不占用相同的物理空间＆＃34;在仿射登记后

1 个答案: