Question

只是想知道是否有人可以帮助解决我在R中使用ggplot2进行for循环的问题。我已经进行了一些聚类来查找随时间变化的数据模式。总共有各种模式，有38个模式图。聚类的输出是并排放置所有38个图形，这对于可视化是很好的。

但是我想放大单个图表来放大它们以进行演示和清除模式视图。这很容易手动，但是，编写相同脚本的38个版本但每个脚本中只有一个不同的集群非常繁琐，所以我想创建一个for循环以便在一个快速代码中实现。我已经完成了这个代码（也有一些在线帮助），但是，我无法获得单个38图表的输出。代码本身的工作原理，我可以指定一个集群，然后给我一个特定集群的输出，但我想创建一个代码，将创建所有38个不同的集群。

我使用的代码如下：

数据框称为dfllgc，其中dfllgc $ cluster包含有关各个群集的信息。我尝试的for循环如下，但不起作用。真的很感激任何帮助！

    for(cluster in dfllgc$cluster){
  df<-subset(dataframAMIRllgc,cluster == 1:38)
  df$Time_point<-factor(df.s$Time_point, levels = c("p3", "p15", "p30","p60"))
  g<-ggplot(df, aes(x=Time_point, y=abundance, group=llgc, colour=llgc))+
  geom_line(size=1.5)+
  geom_point(size=4)+
  ggtitle("Cluster 29: Patterns over time (5 genes) \n") +
  xlab("\nAge") + ylab("Expression(CPM)\n")
  print(g) }

将df＆lt; -subset（dataframAMIRllgc，cluster == 1:38）更改为== 1，或15等，或任何其他群集确实产生了那个群集，但不是全部38以1:38。

最后，使用标题（ggtitle），是否有一种方法可以自动化标题，使我可以拥有一个模板，但是簇数和基因数会自动应用于正确的簇？

非常感谢你！任何帮助将不胜感激:)）

示例数据

    merge   cluster Time_point  llgc    abundance
1   High[26-50%]p15 1   p15 High[26-50%]    166.5400335
38  High[26-50%]p3  1   p3  High[26-50%]    255.5007952
75  High[26-50%]p30 1   p30 High[26-50%]    122.1110473
112 High[26-50%]p60 1   p60 High[26-50%]    78.84340532
149 Low[0-10%]p15   1   p15 Low[0-10%]  86.40962037
186 Low[0-10%]p3    1   p3  Low[0-10%]  205.9750297
223 Low[0-10%]p30   1   p30 Low[0-10%]  60.23843127
260 Low[0-10%]p60   1   p60 Low[0-10%]  56.64259547
297 Medium[11-25%]p15   1   p15 Medium[11-25%]  165.2372227
334 Medium[11-25%]p3    1   p3  Medium[11-25%]  223.3891249
371 Medium[11-25%]p30   1   p30 Medium[11-25%]  155.1325448
408 Medium[11-25%]p60   1   p60 Medium[11-25%]  176.8285175
2   High[26-50%]p15 2   p15 High[26-50%]    85.21789981
39  High[26-50%]p3  2   p3  High[26-50%]    211.5359752
76  High[26-50%]p30 2   p30 High[26-50%]    35.7475454
113 High[26-50%]p60 2   p60 High[26-50%]    12.87995477
150 Low[0-10%]p15   2   p15 Low[0-10%]  77.20608808
187 Low[0-10%]p3    2   p3  Low[0-10%]  43.04550979
224 Low[0-10%]p30   2   p30 Low[0-10%]  34.88976766
261 Low[0-10%]p60   2   p60 Low[0-10%]  9.791146582
298 Medium[11-25%]p15   2   p15 Medium[11-25%]  46.21377697
335 Medium[11-25%]p3    2   p3  Medium[11-25%]  34.89603178
372 Medium[11-25%]p30   2   p30 Medium[11-25%]  14.18668175
409 Medium[11-25%]p60   2   p60 Medium[11-25%]  7.360330065
3   High[26-50%]p15 3   p15 High[26-50%]    47.75793997
40  High[26-50%]p3  3   p3  High[26-50%]    62.3529071
77  High[26-50%]p30 3   p30 High[26-50%]    17.8348889
114 High[26-50%]p60 3   p60 High[26-50%]    14.26366778
151 Low[0-10%]p15   3   p15 Low[0-10%]  138.1451371
188 Low[0-10%]p3    3   p3  Low[0-10%]  185.1184602
225 Low[0-10%]p30   3   p30 Low[0-10%]  63.52332626
262 Low[0-10%]p60   3   p60 Low[0-10%]  39.40566363
299 Medium[11-25%]p15   3   p15 Medium[11-25%]  26.32551336
336 Medium[11-25%]p3    3   p3  Medium[11-25%]  49.72067928
373 Medium[11-25%]p30   3   p30 Medium[11-25%]  8.288553629
410 Medium[11-25%]p60   3   p60 Medium[11-25%]  5.385031193

Answer 1

我不确定我是否100％理解您要做的事情，但我认为您的子集存在问题，然后您需要在最后添加保存功能。希望这可以做你想要的：

dfllgc$Time_point<-factor(dfllgc$Time_point, levels = c("p3", "p15", "p30","p60"))

for(cluster in unique(dfllgc$cluster)) {

    g<-ggplot( dfllgc[ dfllgc$cluster == cluster, ], 
              aes(x=Time_point, y=abundance, group=llgc, colour=llgc)) +
        geom_line(size=1.5) +
        geom_point(size=4) +
        ggtitle( paste0("Cluster ", cluster,": Patterns over time (5 genes)") ) +
        xlab("Age") + ylab("Expression(CPM)")

    ggsave(paste0("Cluster_", cluster,".png"), g) 

}

所做的更改：

删除了子集行并将群集子集/过滤器添加到ggplot行，但它可以很容易地分开。
将factor转换移到了for循环之外，因此只需要应用一次。
设置要为每个群集更改的标题和文件名

使用带有ggplot2的for循环在数据框中绘制多个图形

1 个答案: