Question

我需要安装Bioconductor。我试图在两个系统中找到它;我处于实时紧缩状态，每一次解决方法都失败了。

系统1：Centos 7服务器，R v3.4.2（由于服务器没有libreadline-dev软件包，因此无法获得R v3.5.0;另外一个问题）

运行source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
- 问题：我无法以root身份安装它。我找不到在本地安装它的方法。将lib="/my/local/dirpath"添加到source（）函数的语法不正确，并且通过阅读source（）上的联机帮助页，我无法弄明白。

系统2：我的个人机器，运行Win10，我也有Linux子系统。我使用＆＃34; installr＆＃34;将R v3.3.1更新为3.5.0。封装

1. 如上所述运行source（）命令。
  - 最新错误：lib = "C:/Program Files/R/R-3.5.0/library is not writeable。想使用个人图书馆吗？是的，我愿意。我有一个我已经创建的。我将它添加到.libPaths。我不知道如何将它添加到source（）函数。
1. 上一个错误：BiocInstaller版本太旧了...
  - 对于该错误，我尝试按照Bioconductor install page上的说明操作。 remove.packages("BiocInstaller", lib=.libPaths())然后再次运行source（...）。然后我得到了错误＆＃34; BiocInstaller＆＃34;包裹不存在。 install.packages("BiocInstaller", lib="my/local/dirpath")告诉我package 'BiocInstaller' is not available (for R version 3.5.0)。

当我尝试在Centos系统上以相同的方式安装BiocInstaller时，我遇到了同样的错误（R版本3.4.2不能使用该软件包。）

对于所有善良和圣洁的人的爱，某位善良而有见识的人请在这里给我一些建议吗？已经两天了，时间在流逝，我的智慧结束了。我觉得我已经尝试了一切。我很感激你的帮助。

Answer 1

系统1.确保.libPaths（）[1]是可写位置。

系统2.第1部分。您的可写位置是否位于.libPaths（）的第一个位置？ BiocInstaller的现有版本是否在不可写的位置？第2部分。“BiocInstaller”来自Bioconductor存储库，而不是CRAN;您需要知道您尝试使用的版本的Bioconductor存储库的正确位置。找到它的最好方法是让source（）命令工作。 biocLite()是install.packages()的包装，文档?install.packages()中的关键行是

lib: character vector giving the library directories where to
      install the packages.  Recycled as needed.  If missing,
      defaults to the first element of '.libPaths()'.

请问https://support.bioconductor.org（这是交叉帖，我认为https://support.bioconductor.org/p/109184/）

Bioconductor，R版本和本地安装

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