使用配方和插入符号preProcess进行预处理的差异

时间:2018-05-14 21:30:36

标签: r machine-learning r-caret r-recipes

作为机器学习管道的一部分,我一直在探索用于变量转换的新recipes包。我选择了这种方法 - 由于所有新的扩展而使用caret的{​​{1}}功能进行升级。但我发现这些包为转换后的数据提供了截然不同的结果:

preProcess

所以看起来在某些专栏中他们确实同意,但其他人则不同。为什么这些转变可能会如此不同?其他人一直在发现类似的差异吗?

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

差异是由于lambdas函数中的preProcess四舍五入到小数点后一位。

检查此示例:

library(caret) 
library(recipes) 
library(MASS)
library(mlbench)
data(Sonar)

df <- Sonar[,-61]

使用preProcess函数并将fudge设置为0(对0/1强制lambdas没有容忍度)。

z2 <- preProcess(x = as.data.frame(df), method = c('BoxCox'), fudge = 0)

并使用recepies

z <- recipe(~ ., data = as.data.frame(df )) %>% 
  step_BoxCox(., everything()) %>% 
  prep(., training = as.data.frame(df))

让我们检查一下recepies

的lambdas
z$steps[[1]]$lambdas
#output
        V1         V2         V3         V4         V5         V6         V7         V8         V9        V10        V11        V12 
0.09296796 0.23383117 0.19487939 0.11471259 0.18688851 0.35852835 0.48787887 0.36830343 0.26340880 0.29810673 0.33913896 0.50361765 
       V13        V14        V15        V16        V17        V18        V19        V20        V21        V22        V23        V24 
0.49178396 0.35997958 0.43900093 0.28981749 0.22843441 0.27016373 0.50573719 0.83436868 1.02366629 1.15194335 1.35062142 1.44484148 
       V25        V26        V27        V28        V29        V30        V31        V32        V33        V34        V35        V36 
1.51851127 1.61365888 1.47445453 1.44448827 1.22132457 1.00145613 0.66343491 0.61951328 0.53028496 0.45278118 0.39019507 0.37536033 
       V37        V38        V39        V40        V41        V42        V52        V53        V54        V55        V56        V57 
0.28428050 0.23439217 0.29554367 0.47263000 0.34455069 0.44036919 0.15240917 0.30314637 0.28647186 0.16202628 0.27153385 0.17005357 
       V58        V59        V60 
0.15688906 0.28761156 0.06652761 

preProcess的lambdas:

sapply(z2$bc, function(x) x$lambda)
#output
 V1  V2  V3  V4  V5  V6  V7  V8  V9 V10 V11 V12 V13 V14 V15 V16 V17 V18 V19 V20 V21 V22 V23 V24 V25 V26 V27 V28 V29 V30 V31 V32 V33 V34 
0.1 0.2 0.2 0.1 0.2 0.4 0.5 0.4 0.3 0.3 0.3 0.5 0.5 0.4 0.4 0.3 0.2 0.3 0.5 0.8 1.0 1.2 1.4 1.4 1.5 1.6 1.5 1.4 1.2 1.0 0.7 0.6 0.5 0.5 
V35 V36 V37 V38 V39 V40 V41 V42 V52 V53 V54 V55 V56 V57 V58 V59 V60 
0.4 0.4 0.3 0.2 0.3 0.5 0.3 0.4 0.2 0.3 0.3 0.2 0.3 0.2 0.2 0.3 0.1 

所以:

df$V1^z$steps[[1]]$lambdas[1]

不等于

df$V1^sapply(z2$bc, function(x) x$lambda)[1]

默认fudge = 0.2,差异会更高,因为-0.2 - 02将更改为0,即log转换,而0.8 - 1.2 lambdas将更改为{ {1}} - 没有转变。

我不会关注这些差异,这两种功能都会减少数据的偏差。只是不要将它们混合在同一个训练渠道中。

为了获得更加无偏的性能估计,这些转换应该在重新采样期间执行,而不是在它之前执行,以避免数据泄漏。