如何使用AllenSDK获取单元所属的集群？

Question

在“鼠标视觉皮层的细胞分类学”页面"Explore the Data" section上，顶行显示了小鼠视觉皮层细胞的簇名列表：

问题：鉴于小鼠视觉皮层细胞的标本ID（例如505808144），如何找到该细胞所属的群集名称？

我可以通过AllenSDK get_cell(id)方法获取单元格元数据，但返回的元数据似乎不包含群集的名称。

Answer 1

好问题。

细胞类型数据库包含两组数据集 - 大型转录组学细胞集（参见http://celltypes.brain-map.org/download）和一组具有电生理学的大细胞，其中一些细胞也具有形态学（{{3 }}）。有关这些研究中使用的实验概述和方法的详细信息，请参见“文档”部分（http://celltypes.brain-map.org/data）中的白皮书。

您问题中的示例单元具有电生理学和形态学，但没有转录组学，因此它本身并不属于转录组。

AllenSDK目前支持下载电生理学 - 形态学细胞的元数据，但不支持仅转录组学细胞。您可以将这些单元格的元数据下载为CSV文件。如果您希望能够从AllenSDK而不是平面CSV文件访问转录组学元数据，请在AllenSDK问题跟踪器（http://help.brain-map.org/display/celltypes/Documentation）上创建一个问题。

好消息 - 在几天内，我们将发布您在此处看到的大部分数据（https://github.com/alleninstitute/allensdk/issues）的群集分配，包括鼠标视觉皮层数据集。这将包括一些数据集的更多单元格。您将能够将此数据（包括群集分配和元数据）下载为CSV文件。

请注意，细胞类型数据库中可用的小鼠视觉皮层数据是与细胞分类学科学案例研究中的数据不同的一组细胞（和分析方法）。

感谢您的提问！