pymc3：使用NUTS

Question

我希望在不同的mcmc方法之间进行公平的比较，特别是，我想比较我的方法与NUTS的采样性能。但是，我认为pymc3中的采样功能有很多设置/调整功能，可以提高采样算法的性能，超越原始方法。

所以，我想知道是否有人能告诉我如何禁用这些调音。简而言之，我只想要一个简单的NUTS算法（通过NUTS，我的意思是算法6：高效无U型转向采样器，具有双平均）

谢谢

Answer 1

这可能很难--PraMC3和Stan（其中一些维护人员撰写的NUTS论文）已经纳入了新的最佳实践和改进。您可以从github克隆它并查看早期实现。

This commit has一个NUTS实现，非常接近文章中的符号。从那以后，它被重构为使用更多描述性变量名称以及上述改进。