Question

我想用freesurfer的lta-convert转换转换矩阵。如果我在bash-shell中运行以下命令（echo $ 0显示-bash）

lta_convert -inlta input.lta --outfsl output.mat

它运行没有问题：

$Id: lta_convert.cpp,v 1.9.2.1 2016/08/09 02:33:22 zkaufman Exp $

--inlta: input.lta input LTA transform.
--outfsl: output.mat output FSL matrix.
 LTA read, type : 1
 0.93123   0.02020   0.00726  -12.56508;
-0.00133   0.92407   0.00102  -2.41168;
 0.00007   0.02780   1.00388   21.38016;
 0.00000   0.00000   0.00000   1.00000;
FSLOUTPUTTYPE NIFTI_GZ 
tkreg2FSL: mov det = 8, ref det = 1
INFO: FSL2FreeSurfer: Mov volume is NIFTI with positive det,
  applying LR flip to registration matrix.
INFO: FSL2FreeSurfer: Ref volume is NIFTI with positive det,
  applying LR flip to registration matrix.
lta_convert successful.`

但是如果我尝试在包含以下两行的shell脚本中运行相同的命令：

#!/bin/bash

lta_convert -inlta input.lta --outfsl output.mat

它给我一个错误。

$Id: lta_convert.cpp,v 1.9.2.1 2016/08/09 02:33:22 zkaufman Exp $

dyld: lazy symbol binding failed: Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /Applications/freesurfer/bin/../lib/gcc/lib/libgomp.1.dylib
  Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib

dyld: Symbol not found: ___emutls_get_address
  Referenced from: /Applications/freesurfer/bin/../lib/gcc/lib/libgomp.1.dylib
  Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib

./test.sh: line 3: 91440 Abort trap: 6           lta_convert -inlta input.lta --outfsl output.mat

为什么会发生这种情况，我该如何解决这个问题？其他freesurfer命令如mri_robust_register从shell运行没有问题。我在Mac OS 10.12.4上运行脚本。

Answer 1

您可能遇到的问题可能与由于系统完整性保护而未传播的环境变量DYLD_LIBRARY_PATH有关。在您的情况下，解决方法是检查DYLD_LIBRARY_PATH工作时LD_LIBRARY_PATH和freesurfer的值是什么，并在运行之前在bash脚本中设置这些变量。

以下问题中有更多信息：Why Isn't DYLD_LIBRARY_PATH being propagated here?

Answer 2

找到解决方案。在脚本中添加一行，以便显示：

#!/bin/bash

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
lta_convert -inlta input.lta --outfsl output.mat

freesurfer命令从shell运行但不从脚本运行

2 个答案: