系统发育信号:picante包的功能phylosignal()错误

时间:2018-05-03 14:15:22

标签: traits phylogeny

我正在处理3个主要数据集:定量社区数据集(物种[41] x plot [304],丰度),特征数据集(物种[41] x性状[9])和所有物种的系统发育树(类phylo,可用分支长度[edge.length])。

我正在尝试研究特征数据中是否存在系统发育信号,以了解系统发育在多大程度上能够预测物种中的功能相似性。

我正在使用phylosignal包的函数picante。该函数基于系统发育独立对比相对于尖端改组随机化的方差,计算系统发育信号的K统计量以及 P值

phylosignal(u.MBL, MyTree, reps=999, checkdata = FALSE)

u.MB L是包含同一物种和相同顺序的枝角类个体和MyTree系统发育树(phylo物体)的平均体长值的载体。当我执行此操作时,我收到以下错误:

#Error in Initialize.corSymm(X[[i]], ...) : 
  initial values for "corSymm" must be between -1 and 1

我不明白这个错误的含义。关于如何解决这个问题的任何建议?

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