如何放大基因图谱图？

Question

我正在进行基因序列分析，我有一个基因组，我已经绘制了基因和它们的蛋白质，但情节非常繁忙，当我编织R标记以显示图像时，它被切断了。不知道从哪里开始如何调整这个，任何帮助将不胜感激。这是代码：

library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(devtools)
install_github("wilkox/gggenes")
library(gggenes)
gene_prediction <-read.csv('~/genome1table.csv', header=TRUE, sep=',')
gene_names<-c(gene_prediction$Gene)
starts <- c(gene_prediction$Start)
ends<-c(gene_prediction$End)
strand<-c(gene_prediction$Strand)
genome_name<-rep('Genome',62)

dfgenome1map<-data.frame(genome_name=genome_name, name=gene_names, start=starts, end=ends, category=category, strand=strand)

dfgenome1map$direction<- ifelse(dfgenome1map$strand == "+", 1, -1)

ggplot(dfgenome1map, aes(xmin=start, xmax=end, y='', 
           fill=category, 
           label=gene_names, forward= direction)) + 
  geom_gene_arrow() +
  geom_gene_label(align = "center") +
  labs(x='locus (bp)', fill='VOG category')+
  theme_genes() + 
  scale_color_continuous() +
  theme(axis.title.y = element_blank(),
    axis.title.x=element_text())

这在我的R降价中看起来像这样，但蛋白质的关键应该更大：

Answer 1

你在这里粘贴了块吗？

您可以使用以下选项调整绘图大小：

opts_chunk$set(fig.width = 15, fig.height = 15)

15是高值的示例。 你在RStudio的最后一个版本的右上角有块选项。

输出文件是什么？ HTML / docx / pdf？

您还可以在.Rmd（YAML）的开头指定选项：

---
title: "xxx"
output:
  html_document:
    fig_width: 15
    fig_height: 15
    fig_caption: true
---