热图返回错误：＆＃39; x＆＃39;必须是数字矩阵，但x是数字矩阵

Question

我正在尝试在六个地点创建物种丰富度的热图。 我有一个站点与物种的矩阵，数值丰度数据。

然而，当我运行我的代码时，R返回一个错误，我的矩阵是非数字的。 谁能想出这一个？我很难过。

导出的数据框链接：log_mean_wide

工作：

lrc <- rainbow(nrow(log_mean_wide), start = 0, end = .3)
lcc <- rainbow(ncol(log_mean_wide), start = 0, end = .3)


logmap <- heatmap(log_mean_wide, col = cm.colors(256), scale = "column", 
               RowSideColors = lrc, ColSideColors = lcc, margins = c(5, 10),
               xlab = "species", ylab = "Site", 
               main = "heatmap(<Auckland Council MCI data 1999, habitat:bank>, ..., scale = \"column\")")

  

错误消息：热图中的错误（log_mean_wide，Rowv = NA，Colv = NA，col = cm.colors（256），：＆＃39; x＆＃39;必须是数字矩阵

log_heatmap <- heatmap(log_mean_wide, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(256), scale="column", margins=c(5,10)) #same error

is.numeric(log_mean_wide) #[1] FALSE
is.character(log_mean_wide) #[1] FALSE
is.factor(log_mean_wide) #[1] FALSE
is.logical(log_mean_wide) #[1] FALSE
is.integer(log_mean_wide) #[1] FALSE

？！？！

dims <- dim(log_mean_wide)
log_mean_matrix <- as.numeric(log_mean_wide) 
dim(log_mean_matrix) <- dims

  

错误:(列表）对象无法强制键入＆＃39; double＆＃39;

str（log_mean_wide）将物种显示为数字，将网站显示为字符 - 为什么这不起作用呢？

storage.mode(log_mean_wide) <- "numeric" 

  

storage.mode（log_mean_wide）中的错误＆lt; - ＆＃34;数字＆＃34; :( list）对象无法强制键入＆＃39; double＆＃39;

Answer 1

有两个问题：

1. 第一列log_mean_wide$Site是非数字的。
2. heatmap仅接受matrix作为输入数据（不是data.frame）。

要解决这些问题，您可以执行以下操作（请注意，热图中有很多的混乱）：

# Store Site information as rownames
df <- log_mean_wide;
rownames(df) <- log_mean_wide[, 1];

# Remove non-numeric column
df <- df[, -1];

# Use as.matrix to convert data.frame to matrix
logmap <- heatmap(
    as.matrix(df),
    col = cm.colors(256),
    scale = "column",
    margins = c(5, 10),
    xlab = "species", ylab = "Site",
    main = "heatmap(<Auckland Council MCI data 1999, habitat:bank>, ..., scale = \"column\")")