Question

我在提取所有人类基因时尝试使用lapply来改变物种名称。

我还在学习如何使用lapply，我无法弄清楚我做错了什么。

到目前为止，我有：

library(biomaRt)

我创建了marts：

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                        dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
ensembl_mmusculus <- useMart("ensembl", 
                     dataset = "mmusculus_gene_ensembl")
ensembl_ggallus <- useMart("ensembl",
                       dataset = "ggallus_gene_ensembl")

设置物种：

species <- c("hsapiens", "mmusculus", "ggallus")

然后我尝试使用lapply：

species_genes <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                  "external_gene_name"), 
                                   filters = "biotype", 
                                   values = "protein_coding", 
                                   mart = paste0(s, "_ensembl")))))

它给我一条错误信息：

martCheck（mart）中的错误：您必须提供有效的Mart对象。至创建一个Mart对象使用函数：useMart。检查？useMart for 更多信息。

Answer 1

这应该可以解决问题：

species_genes <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                                  "external_gene_name"), 
                                                   filters = "biotype", 
                                                   values = "protein_coding", 
                                                   mart = get(paste0("ensembl_", s))))

说明：

mart函数中的getBM参数需要类Mart的对象，而不是string

class(ensembl_ggallus)
#output
[1] "Mart"
attr(,"package")
[1] "biomaRt"

使用

paste0("ensembl_", s)

你得到一个字符串，如：

"ensembl_hsapiens"

base函数get按名称搜索环境中的对象。

get("ensembl_hsapiens") 

identical(get("ensembl_hsapiens"), ensembl_hsapiens)
#output
TRUE

lapply使用biomart的问题

1 个答案: