Question

我最近问了一个关于lapply的问题，但是现在我改变了我的方法并遇到了我无法解决的更多问题。

这是我遇到问题的代码：

加载biomaRt

library(biomaRt)

制作hsapiens mart

ensembl_hsapiens <- useMart("ensembl", 
                        dataset = "hsapiens_gene_ensembl")

然后我提取人类基因：

hsapien_PC_genes <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name"), 
                      filters = "biotype", 
                      values = "protein_coding", 
                      mart = ensembl_hsapiens)

ensembl_gene_ID <- hsapien_PC_genes$ensembl_gene_id

设置物种载体

species <- c("mmusculus", "ggallus")

这一切都按预期工作，当我使用lapply时遇到问题

all_homologues <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                               "external_gene_name", 
                                                               get(paste0(s, "_homolog_ensembl_gene")), 
                                                               get(paste0(s, "_homolog_associated_ensembl_gene")), 
                                                               filters = "ensembl_gene_id", 
                                                               values = c(ensembl_gene_ID), 
                                                               mart = ensembl_hsapiens)))

我收到错误消息：

 Error in martCheck(mart) : 
  You must provide a valid Mart object. To create a Mart object use the function: useMart.  Check ?useMart for more information.

代码完美如下：

all_homologues <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", "external_gene_name",  
                               "mmusculus_homolog_ensembl_gene", 
                               "mmusculus_homolog_associated_gene_name"),
                           filters = "ensembl_gene_id",
                           values = c(ensembl_gene_ID),
                           mart = ensembl_hsapiens)

但我有很多种，所以我希望能够使用一小部分代码来提取物种的同源物，而不是必须为每个物种重写一遍。

我认为我没有使用lapply做错事，因为当不使用lapply时，mart会完美运作。

我之前的问题： Issue with lapply using biomart

Answer 1

在玩完之后，我已经设法使用以下方法让它工作：

all_homologues <- lapply(species, function(s) getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                                               "external_gene_name", 
                                                               paste0(s, c("_homolog_ensembl_gene",
                                                                           "_homolog_associated_gene_name"))),
                                                filters = "ensembl_gene_id",
                                                values = c(ensembl_gene_ID),
                                                mart = ensembl_hsapiens))

虽然我不确定为什么？

lapply和BioMart的另一个问题

1 个答案: