Question

我想在emmeans中创建一个自定义对比度函数，它可以从输入向量中删除给定的级别列表，并在剩余的级别上应用内置的对比度方法（“trt.vs.ctrl”）。可以使用示例数据集here。我使用以下R代码来计算ANOVA和事后比较：

options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))
my_lm <- lm(D1 ~ C*R, data=df)
Anova(my_lm, type = "III")
#show Interaction effects using emmeans
emmip(my_lm, C ~ R )
emm = emmeans(my_lm, ~ C * R)
emm
contrast(emmeans(my_lm, ~ C * R), "consec", by = "C")
#compare 1st with next 3 groups (how to remove other three levels?)
contrast(emmeans(my_lm, ~ C * R), "trt.vs.ctrl", by = "R")

内置对比度选项（“trt.vs.ctrl”）将第一级与其后的所有内容进行比较（C中有7个因子级别，我想删除它们中的最后3个并计算对比度剩下的4）。 An example is provided in the official documentation编写自定义对比函数。

skip_comp.emmc <- function(levels, skip = 1, reverse = FALSE) {
    if((k <- length(levels)) < skip + 1)
        stop("Need at least ", skip + 1, " levels")
    coef <- data.frame()
    coef <- as.data.frame(lapply(seq_len(k - skip - 1), function(i) {
        sgn <- ifelse(reverse, -1, 1)
        sgn * c(rep(0, i - 1), 1, rep(0, skip), -1, rep(0, k - i - skip - 1))
    }))
    names(coef) <- sapply(coef, function(x)
        paste(which(x == 1), "-", which(x == -1)))
    attr(coef, "adjust") = "fdr"   # default adjustment method
    coef
}

然而，由于我的理解有限，我不太确定在哪里应用我需要的修改来自定义示例。有什么想法吗？

Answer 1

这是你将来要做很多次的事吗？我的猜测不是，你只想做一次，或者最多只做几次;在这种情况下，编写自定义对比功能太麻烦了。只需获得所需的对比度系数，并将其用作contrast中的第二个参数。

现在，考虑以下结果：

> con <- emmeans:::trt.vs.ctrl.emmc(1:7)
> con
  2 - 1 3 - 1 4 - 1 5 - 1 6 - 1 7 - 1
1    -1    -1    -1    -1    -1    -1
2     1     0     0     0     0     0
3     0     1     0     0     0     0
4     0     0     1     0     0     0
5     0     0     0     1     0     0
6     0     0     0     0     1     0
7     0     0     0     0     0     1

从描述中，我认为你只需要前3组对比度系数。所以使用这些列：

contrast(emm, con[, 1:3], by = "R")

更新

StackOverflow偶尔会激发开发人员添加软件功能。在这种情况下，我认为向 emmeans （除exclude之外的所有函数）中的大多数内置.emmc函数添加poly.emmc()参数可能很有用。这样做非常简单，这些功能现已纳入最新推出的github - https://github.com/rvlenth/emmeans。这些功能也将包含在下一个CRAN更新中。

自定义功能，用于计算emmeans中的对比度

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